Rzecznik zwraca uwagę na to, że zawarte w projekcie rozwiązania mogą prowadzić do obniżenia istniejących standardów praw człowieka, pieczołowicie wypracowanych w orzecznictwie zarówno Trybunału Konstytucyjnego, jak i Europejskiego Trybunału Praw Człowieka. Szczególne wątpliwości RPO budzi utrzymanie w mocy przesłanki pozwalającej na stosowanie tymczasowego aresztowania motywowanego tylko grożącą oskarżonemu surową karą – projektodawca nie dość, że utrzymuje tę przesłankę, to jeszcze ją rozszerza. Projekt nowelizacji wprowadza w tym zakresie dwie istotne zmiany. Po pierwsze, projektodawca proponuje wprowadzenie możliwości stosowania tymczasowego aresztowania w przypadku skazania na karę trzech lat pozbawiania wolności, tymczasem w obecnym stanie prawnym tymczasowe aresztowanie może być stosowane jedynie w przypadkach skazania na karę wyższą niż trzy lata pozbawienia wolności. Ponadto, projekt nowelizacji rezygnuje z konieczności powoływania się na przesłankę obawy utrudniania prawidłowego toku postępowania.
Z perspektywy praw i wolności obywatelskich sprzeciw musi budzić postulat uchylenia przepisu przewidującego zakaz przeprowadzania i wykorzystywania dowodu uzyskanego do celów postępowania karnego za pomocą czynu zabronionego („owoce zatrutego drzewa”). Zdaniem Rzecznika, trudno znaleźć argumenty przemawiające za uchyleniem tego zakazu. Jego obowiązywanie w przepisach karnych jest dodatkowym czynnikiem dyscyplinującym służby państwowe, nie pozwalającym popierać argumentacji materiałem zdobytym w sposób wypełniający znamiona czynu zabronionego, a utrzymanie w mocy tego zakazu nie niesie ryzyka dla zasady prawdy materialnej. Zakaz korzystania z „owoców zatrutego drzewa” jest raczej efektem uwzględnienia zasady praworządności. Trudno mówić o dobru wymiaru sprawiedliwości w sytuacji, gdy niejako dopuszcza się możliwość zdobywania materiałów na jego rzecz w sposób łamiący porządek prawny.
Obawy Rzecznika budzą także rozwiązania w zakresie:
- obniżenia standardów prawa do obrony (w tym w dalszym ciągu zaniechanie dostosowania regulacji krajowej do standardów wypracowanych przez ETPC w tzw. doktrynie Salduz);
- wydłużenia terminów, w których organy państwa mogą kwestionować na niekorzyść oskarżonego prawomocne rozstrzygnięcia kończące postępowanie;
- ograniczenia odpowiedzialności Skarbu Państwa za błędy wymiaru sprawiedliwości;
zmiany przepisów dotyczących trybów konsensualnych oraz uchylenia umorzenia restytucyjnego;
- nieprecyzyjności unormowania regulującego problematykę dostępu do akt osób, wobec których złożono wniosek o zastosowanie albo przedłużenie tymczasowego aresztowania.