Podstawowym obowiązkiem rozliczających się za wprowadzanie zanieczyszczeń do powietrza, wód i ziemi, a także za pobór wód (z własnego ujęcia) jest składanie sprawozdań zwanych wykazami, a także wnoszenie opłat, o ile przekraczają one 400 zł za jeden rodzaj korzystania ze środowiska.

Opłatę środowiskową wnosi się na konto urzędu marszałkowskiego. Można ją obliczać samodzielnie albo zatrudnić do tego odpowiednią firmę.

Nie musi ona legitymować się certyfikatami, ani być wpisana do jakiegokolwiek rejestru. Gotowe sprawozdanie trzeba przesłać nie tylko marszałkowi, ale i wojewódzkiemu inspektorowi ochrony środowiska.

Obowiązki sprawozdawcze i finansowe mają nie tylko przedsiębiorcy, ale także jednostki organizacyjne, a nawet osoby fizyczne niebędące przedsiębiorcami (w tym rolnicy indywidualni), ale ci ostatni opłaty ponoszą wyłącznie w zakresie, w jakim korzystanie ze środowiska wymaga pozwolenia.

Rozliczenia mogą okazać się niezbędne nie tylko wtedy, gdy ktoś wykorzystuje własne auto czy ogrzewa pomieszczenie piecem, ale i wtedy, gdy paliwo do auta pracownika jest kupowane na koszt firmy.

Za emisje do powietrza rozliczyć powinien się też ten, kto samodzielnie maluje np. elewację swojej firmy czy używa spalinowej kosiarki do strzyżenia firmowego trawnika. O obowiązkach nie mogą też zapomnieć m.in. firmy usługowe pracujące z pędzlem i farbami na otwartej przestrzeni.

Do 31 lipca podmioty rozliczają się za pierwsze półrocze 2012 r. Za opóźnienie nalicza się odsetki w wysokości jak dla zobowiązań podatkowych. Gdy ktoś zapomni o rozliczeniach, marszałek województwa wymierzy mu opłatę w drodze decyzji.

Jeżeli okaże się, że brakuje też wymaganego pozwolenia (np. na wprowadzane ścieków do wód), będzie to opłata podwyższona o 500 proc.