Definicja biogazu rolniczego wskazana została w art. 3 pkt 20a ustawy – Prawo energetyczne. Zgodnie z tym przepisem biogaz rolniczy to paliwo gazowe otrzymywane z surowców rolniczych, produktów ubocznych rolnictwa, płynnych lub stałych odchodów zwierzęcych, produktów ubocznych lub pozostałości przemysłu rolno-spożywczego lub biomasy leśnej w procesie fermentacji metanowej. Zatem wytwarzanie biogazu z użyciem, w części lub w całości, substratów innych niż wymienione w tym przepisie (np. produktów ubocznych produkcji przemysłowej), może prowadzić do uznania, że wyprodukowany w ten sposób biogaz nie jest biogazem rolniczym. To z kolei może mieć określone skutki dla producenta takiego biogazu. Po pierwsze, producent biogazu wytwarzanego z substratów, których nie wskazano w art. 3 pkt 20a ustawy – Prawo energetyczne, nie uzyska świadectwa pochodzenia biogazu rolniczego (tzw. brązowego certyfikatu). Świadectwa takie stanowią bowiem potwierdzenie wytworzenia biogazu rolniczego i wprowadzenia go do sieci dystrybucyjnej gazowej. Po drugie, jeżeli w biogazowni wytwarzana jest z biogazu nierolniczego energia elektryczna, konieczne jest uzyskanie koncesji na jej wytwarzanie. Koncesję wydaje prezes Urzędu Regulacji Energetyki (URE) na wniosek zainteresowanego przedsiębiorstwa energetycznego (czyli biogazowni). Wytwarzanie energii elektrycznej z biogazu rolniczego stanowi bowiem działalność regulowaną, która nie wymaga koncesji, lecz wpisu do odpowiedniego rejestru prowadzonego przez prezesa Agencji Rynku Rolnego. Gdy jednak energia wytwarzana jest z biogazu, który nie jest biogazem rolniczym, trzeba uzyskać koncesję. Jej brak może skutkować odmową wydania przez prezesa URE zielonego certyfikatu dla energii wytwarzanej z biogazu, który nie zostanie uznany za biogaz rolniczy. Podkreślić należy, że wykonywanie działalności gospodarczej podlegającej koncesjonowaniu bez wymaganej koncesji stanowi wykroczenie podlegające karze ograniczenia wolności lub grzywny.