W piątym roku kadencji sędziego Europejskiego Trybunału Praw Człowieka Krzysztof Wojtyczek daje się poznać jako największy krytyk międzynarodowego sądu.
Ostatnio najdobitniej zademonstrował to w głośnej sprawie byłego prezesa węgierskiego sądu najwyższego Andrása Baki przeciwko Węgrom (skarga nr 20261/12). W 17-osobowym składzie Wielkiej Izby tylko on i czeski sędzia Aleš Pejchal nie zgodzili się z tezą, że rząd w Budapeszcie naruszył konwencję, usuwając z urzędu prezesa SN na mocy zmian w konstytucji. W obszernym zdaniu odrębnym Wojtyczek dowodził, że wyrok ten to istotny krok w kierunku znaczącego ograniczenia suwerenności państwa.
W przeciwieństwie do pozostałych sędziów uznał bowiem, że sprawa Baki to po prostu ilustracja wewnętrznego konfliktu między organami państwowymi (a konkretnie sporu między parlamentem a SN), w który trybunał strasburski nie ma prawa ingerować. Były prezes węgierskiego SN „został pozbawiony urzędu nie za swoje krytyczne wypowiedzi czy wydane w przeszłości orzeczenia, lecz dlatego, że był uważany za osobę, która może w przyszłości próbować użyć swojej władzy do podważenia polityki większości parlamentarnej” – przekonywał. Wprawdzie uznaje się, że prawo dostępu do służby publicznej jest prawem człowieka, ale, podkreślił Wojtyczek, prawo do zachowania urzędu już nie.