Prokuratura wojskowa - jako organa ścigania dla żołnierzy - wywodzi swą historię od czasów króla Stefana Batorego, gdy mocą jego "Artykułów wszemu rycerstwu" w obozie pod Worońcem 10 sierpnia 1581 r. pojawił się profos, czyli oskarżyciel dla sił zbrojnych. W czasie Powstania Styczniowego 30 lipca 1863 r. Rząd Narodowy uchwalił Kodeks Wojskowy i Kodeks Postępowania Sądowego. W myśl ich postanowień, proces sądowy wszczynano dopiero po wniesieniu sprawy przez uprawnionego oskarżyciela, a był nim wyznaczony z urzędu kapitan i obrońca Rządu Narodowego – zwany w ustawie "prokuratorem".
Początki współczesnej prokuratury wojskowej sięgały odzyskania przez Polskę niepodległości po I wojnie światowej. Józef Piłsudski, jako Naczelny Wódz, wydał 19 stycznia 1919 r. dekret nazwany ustawą o tymczasowej organizacji sądowej Wojska Polskiego. Zgodnie nim powołano instytucję naczelnego prokuratora wojskowego, jako "głównego doradcę i referenta" ministra spraw wojskowych we wszystkich sprawach dotyczących wojskowego wymiaru sprawiedliwości, któremu podlegać mieli prokuratorzy wojskowi wszystkich stopni.
O likwidacji prokuratury wojskowej jako odrębnej struktury mówili już przedstawiciele rządu PO-PSL. Zmiana ta była jednak odkładana w czasie wiele razy, m.in. ze względu na toczące się śledztwo ws. katastrofy smoleńskiej. Ostatecznie zmianę przeprowadzi rząd PiS.
Uchwalone w styczniu ustawy autorstwa PiS reformujące prokuraturę - Prawo o prokuraturze i przepisy wprowadzające to prawo - od 4 marca połączyły funkcje ministra sprawiedliwości i prokuratora generalnego. Z kolei od 4 kwietnia przewidziano likwidację prokuratury wojskowej.
W ocenie ministra sprawiedliwości-prokuratora generalnego Zbigniewa Ziobry likwidacja prokuratury wojskowej usprawni walkę z przestępczością, a prokuratorzy wojskowi odciążą w pracy prokuratorów cywilnych.
"Do tej pory model funkcjonowania prokuratury wojskowej powodował, że obciążenie pracą prokuratora prokuratury wojskowej i prokuratora prokuratury powszechnej, którzy zarabiali tyle samo, było zasadniczo różne. Na prokuratora prokuratury wojskowej przypadało 15 razy mniej spraw do prowadzenia" - wskazywał ostatnio Ziobro.
Dodawał, że w związku z tym uznano, iż "z punktu efektywności państwa, pewnej sprawiedliwości i sprawności walki z przestępczością warto spowodować, że prokuratorzy prokuratury wojskowej będą mogli poza sprawami wojskowymi również prowadzić sprawy powszechnej przestępczości, żeby odciążyć prokuratorów cywilnych" - mówił.
Oddzielna prokuratura wojskowa składała się z trzech szczebli i w ostatnim czasie liczyła łącznie ponad stu prokuratorów. Najwyższym szczeblem była Naczelna Prokuratura Wojskowa, której szef był zastępcą prokuratora generalnego.
Kolejnym szczeblem były dwie wojskowe prokuratury okręgowe w: Warszawie i Poznaniu. To właśnie w pierwszej z tych prokuratur od 10 kwietnia 2010 r. prowadzone było śledztwo w sprawie katastrofy smoleńskiej. Dwa tygodnie temu Ziobro powołał zespół prokuratorów do tego śledztwa. Przewodniczy mu zastępca prokuratora generalnego Marek Pasionek, ponadto w jego skład wchodzi ośmiu prokuratorów - w tym dwóch wojskowych. Śledztwo przejęła Prokuratura Krajowa.
Najważniejszym w ostatnich latach śledztwem WPO w Poznaniu była sprawa ostrzelania przez polskich żołnierzy przysiółka Nangar Khel w Afganistanie w 2007 r., w wyniku czego byli zabici i ranni Afgańczycy. Prokuratura zarzuciła żołnierzom zbrodnię wojenną zabójstwa cywili i ostrzelania niebronionego obiektu cywilnego. Skończyło się na prawomocnym uniewinnieniu oficera i dwóch szeregowych oraz karach w zawieszeniu dla innego oficera i trzech żołnierzy - ale nie za zbrodnię wojenną lecz za niesubordynację, czyli nieprawidłowo wykonany rozkaz. Prawomocny wyrok wydała niedawno Izba Wojskowa Sądu Najwyższego.
W kraju funkcjonowało ostatnio także osiem prokuratur garnizonowych w: Gdyni, Krakowie, Lublinie, Olsztynie, Poznaniu, Szczecinie, Warszawie i Wrocławiu. W 2013 r. - m.in. w związku ze zmniejszaniem się liczebności Wojska Polskiego - zlikwidowano trzy prokuratury garnizonowe w: Bydgoszczy, Elblągu i Zielonej Górze.
Od 4 kwietnia w prokuraturze powszechnej od kwietnia będą utworzone komórki organizacyjne właściwe w sprawach wojskowych: Departament do Spraw Wojskowych w Prokuraturze Krajowej, wydziały do spraw wojskowych w prokuraturach okręgowych i działy do spraw wojskowych w prokuraturach rejonowych. Jak informowało MS, w tych jednostkach prokuratury powszechnej prokuratorami będą mogli być zarówno prokuratorzy cywilni, jak i żołnierze zawodowi.
Przepisy wprowadzające nową ustawę o prokuraturze rozstrzygnęły, że prokuratorzy ds. wojskowych zachowają dotychczasowe uprawnienia do prowadzenia i nadzorowania śledztw oraz dochodzeń z dziedziny wojskowej. Prokuratorzy wojskowi będą również prowadzić postępowania w sprawach powszechnych.
Cały pion - zwieńczony Departamentem ds. Wojskowych w Prokuraturze Krajowej - będzie nadzorował Zastępca Prokuratora Generalnego ds. Wojskowych. To ten prokurator będzie też mógł wnosić kasację do Izby Wojskowej Sądu Najwyższego. Nie podano jeszcze, kto będzie pełnić tę funkcję.
"Oskarżycielem publicznym w postępowaniu w sprawach o przestępstwa skarbowe i wykroczenia skarbowe przed wojskowym sądem garnizonowym lub w sprawach o przestępstwa skarbowe przed wojskowym sądem okręgowym jest wyłącznie prokurator do spraw wojskowych" - głosi ustawa. Wskazuje się w niej też, że tylko prokurator ds. wojskowych będzie mógł złożyć akt wniosek o ukaranie lub oskarżenia w sądzie wojskowym. Z przepisów wynika też, że tylko prokurator ds. wojskowych mógłby decydować ws. podsłuchów zakładanych przez Żandarmerię Wojskową.
"W obecnym modelu funkcjonowania, prokuratorzy wojskowi prowadzili średnio 17-krotnie mniej spraw niż prokuratorzy powszechni. Zmiana ta pozwoli więc na zwiększenie szybkości działania prokuratury" - argumentował resort sprawiedliwości.
W zeszłym roku prokuratura wojskowa prowadziła 924 śledztwa. W 252 sprawach odmówiono wszczęcia śledztw. Zakończono 772 spraw, w których podejrzanych było 377 osób, w zdecydowanej większości żołnierzy. Sprawy o przestępstwa przeciwko 220 osobom skierowano do sądu z aktem oskarżenia, ponadto prokuratorzy wojskowi w 2015 r. zakończyli 344 postępowania w sprawach o wykroczenia, których sprawcami było 137 żołnierzy.