Po projektowanych zmianach Prokurator Generalny ma uzyskać prawo bezpośredniego kierowania prokuraturą, wydawać zarządzenia, wytyczne i polecenia. W miejsce Prokuratury Generalnej ma być powołana Prokuratura Krajowa; w miejsce prokuratur apelacyjnych - prokuratury regionalne. Jeden z przepisów przejściowych stanowi, że z dniem wejścia ustawy w życie wygasają kadencje prokuratorów powołanych do pełnienia funkcji w jednostkach prokuratury powszechnej.
Poseł Michał Wójcik (PiS) podkreślał, że najważniejszą zmianą jest połączenie urzędów ministra sprawiedliwości i prokuratora generalnego, rozdzielonych przez rząd PO-PSL ustawą uchwaloną w 2009 r. "Dziś można powiedzieć w tym miejscu, że kończymy eksperyment, który rozpoczęła Platforma Obywatelska i Polskie Stronnictwo Ludowe w 2009 roku. Eksperyment całkowicie nieudany. Eksperyment, którego owocem jest m.in. absolutna wizytówka tej złej reformy, czyli afera Amber Gold" – powiedział Wójcik.
Wymienił też wejście funkcjonariuszy ABW do redakcji tygodnika "Wprost" i wyciek dokumentów ze śledztwa dotyczącego tzw afery podsłuchowej. Zdaniem posła PiS, "cały czas było przerzucanie się odpowiedzialnością między prokuraturą a politykami". "Od momentu wejścia w życia tej ustawy nie będzie już tego problemu. Na czele polskiej prokuratury stanie polityk, minister sprawiedliwości, prokurator generalny" – powiedział Wójcik.
Za odrzuceniem projektów opowiedziały się wszystkie kluby opozycyjne. Ich przedstawiciele ponownie podnosili zarzuty o upolitycznieniu prokuratury pod rządami czynnego polityka.
"Mówicie, że koniec eksperymentu, jakim było rozdzielenie urzędu, ale wy zaczynacie gorszą rzecz odwracając tę reformę. Może trzeba było ją poprawiać, ale to co wy chcecie zrobić z prokuraturą, to jest eksperyment, bardzo zły: upolitycznić, upartyjnić 6 tys. prokuratorów. Każdy wie, że to się nie może udać, bo prokuratorzy staną się funkcjonariuszami partyjnymi, a nie publicznymi" - mówił Robert Kropiwnicki (PO).
Dodał, że poprzednie rządy dały prokuraturze niezależność, a obecny ją odbiera. "To są najczarniejsze lata prokuratury z lat 2005-07. Nie powinniście iść tą drogą. Tworzycie superurząd, liczycie, że będzie superbohater, ale będzie superwtopa. Nie może tak być, żeby minister sprawiedliwości odpowiadał za wszystkie kradzieże na straganach i włamania. Ale jeśli tego chcecie, to niech odpowiada, będziemy z tego rozliczać" - powiedział poseł PO.
Inny reprezentant PO Arkadiusz Myrcha zaapelował do PiS, aby - jeśli chce wzmocnienia prokuratury - dać prokuratorom takie uprawnienie, jakie mają być nadane prokuratorowi generalnemu. Zarzucił, że w reorganizacji prokuratury chodzi jedynie o możliwość dokonania weryfikacji kadr. "Obawiamy się, że prokuratura nie będzie działać pod godłem białego orła, ale pod tym orłem, który jest w szyldzie PiS" - dodał. Również b. minister sprawiedliwości Cezary Grabarczyk (PO) ocenił, że projekt jest bardzo zły i "przekształca Polskę w państwo stanu wyjątkowego".
Barbara Chrobak (Kukiz'15), ponawiając wniosek o odrzucenie projektu, podkreśliła, że według niej obywatele lepiej niż politycy wiedzą, jak powinno się zwalczać przestępczość. Z tych powodów powtórzyła postulat, by wpisać prokuraturę do konstytucji i prokuratora generalnego wybierać w powszechnych wyborach. "Prokuratura nie powinna być dla samej siebie, tylko dla obywateli. Niezależności prokuratora generalnego nigdy nie było - liczy się niezależność prokuratorów prowadzących śledztwa" - stwierdziła.
"Umiejscowienie czynnego polityka na czele prokuratury w żaden sposób nie daje się pogodzić z zasadami demokratycznego państwa prawa. To zawłaszczanie przez PiS kolejnej instytucji państwa" - powiedział z kolei Mirosław Pampuch (Nowoczesna). Również on ocenił, że zmiany struktury prokuratury w rzeczywistości sprowadzą się do zmiany nazwisk na kierowniczych stanowiskach, a prokurator generalny będzie miał wręcz dyktatorską władzę. "Proszę PiS o rozwagę. Kręcicie sobie bicz na plecy własne i Polaków. Czy naprawdę zdajecie sobie sprawę jaką władzę dajecie jednej osobie?" - powiedział.
Z kolei Krzysztof Paszyk (PSL) ocenił, że projekt - choć miał być panaceum na bolączki prokuratury - już wywołuje paraliż, wobec odejść stu doświadczonych prokuratorów. Również on krytykował zmiany zmierzające do podporządkowania prokuratury politykowi.
Wiceminister sprawiedliwości Bogdan Święczkowski odpowiadał, że zapisy projektu są "klarowne, tworzą nową jakość na miarę XXI wieku, nie ma w nich też błędów ani nadużyć prawa". Zapewnił też, że proponowany model jest "dopuszczalny i zgodny z prawem europejskim".
Odpowiadając na zarzuty o planowanej weryfikacji kadr, Święczkowski odparł, że nie będzie żadnej weryfikacji, nikt też nie będzie zwalniany czy wysyłany w stan spoczynku. "Ale prokuratura to służba. Prokuratura powinna być dla obywateli, a nie odwrotnie. Może tak być, że prokuratorzy z doświadczeniem z zakresu nadzoru będą mogli zostać wysłani do prokuratury rejonowej, ale zgodnie z etyką służby, aby tam wspomóc swoim doświadczeniem" - powiedział.
Odnosząc się do zarzutu opozycji, że uprawnienie PG do żądania czynności operacyjnych jest zbyt daleko idące Święczkowski zauważył, że prokurator może jedynie wnioskować do policji lub służb specjalnych o przeprowadzenie określonych czynności operacyjno-rozpoznawczych. "A szef tej służby będzie mógł odmówić, jeśli uzna to za niecelowe" - podkreślił.
W odpowiedzi na zarzut nieprawidłowości zapisu pozwalającego PG na zdjęcie klauzuli tajności nadanej przez inny organ (dziś to niemożliwe - PAP) Święczkowski ocenił, że jest to "potrzeba wynikająca z problemów, jakie się pojawiły" - m.in. dlatego, że ówczesny szef CBA Paweł Wojtunik odmówił uchylenia tajemnicy z materiałów dot. śledztwa podsłuchowego.
"Ten zapis jest obwarowany tak bardzo, że może dojść do tego tylko w sytuacjach ekstraordynaryjnych i tylko na potrzeby postępowania przygotowawczego. Mam nadzieję, że to będzie przepis martwy" - dodał i przypomniał, że gdy był dwukrotnie przesłuchiwany w sejmowej komisji śledczej ds. domniemanych nacisków, nie mógł udzielić posłom odpowiedzi na pytanie, bo ówczesny szef ABW Krzysztof Bondaryk nie zwolnił go z obowiązku zachowania tajemnicy. "To także trzeba mieć na uwadze" - dodał.
Święczkowski stwierdził też, że "w ostatnich latach tak się złożyło, że społeczeństwo nie było dobrze informowane o działaniach prokuratury", dając za przykład śledztwo smoleńskie (jak dodał, informowanie o nim krytykowała także PO), sprawę Amber Gold, a także sprawę SKOK - a konkretnie SKOK Wołomin. "To trzeba wyjaśnić. Dlatego tworzymy przy prokuraturach regionalnych centra do zwalczania przestępczości zorganizowanej, gospodarczej i skarbowej" - mówił.
Po zmianach w Prokuraturze Krajowej będą mogły być prowadzone śledztwa w sprawach "o obszernym materiale dowodowym, a także zawiłych pod względem faktycznym lub prawnym" - niezależnie od ich właściwości miejscowej i rzeczowej, o czym będzie decydował prokurator generalny. Na poziomie PK funkcjonować też ma Wydział Spraw Wewnętrznych, którego zadaniem będzie prowadzenie postępowań przygotowawczych w sprawach "najpoważniejszych czynów przestępnych popełnionych przez sędziów, prokuratorów i asesorów".
Zakładana jest likwidacja odrębnej prokuratury wojskowej. Projekt znosi też obowiązującą obecnie kadencyjność funkcji kierowniczych w prokuraturze. Obecną Krajową Radę Prokuratury ma zastąpić - złożona wyłącznie z prokuratorów - Krajowa Rady Prokuratorów przy PG. Prokuratorskie postępowania dyscyplinarne mają stać się jawne. Jawne mają być też - co do imienia i nazwiska - prokuratorskie oświadczenia majątkowe.
Wiele pytań opozycji budził zapis, że "nie stanowi przewinienia dyscyplinarnego działanie lub zaniechanie prokuratora podjęte wyłącznie w interesie społecznym". Jak - w odpowiedzi na krytykę opozycji - wskazywał Święczkowski, przepis nie oznacza braku odpowiedzialności prokuratorów, gdyż "w żadnym wypadku nie zwalnia on prokuratora od odpowiedzialności karnej".
Podczas prac nad projektem w komisjach szef PG Andrzej Seremet zaznaczył, że kwestia utrzymania - bądź nie - rozdziału MS od PG jest decyzją polityczną. "Natomiast prokuratura, według jej zadań, nie jest organem, który ma zapewniać bezpieczeństwo i ład publiczny, od tego jest policja i inne organy" - wskazał.