Wśród powodów, które przemawiały za prewencyjnym skierowaniem ustawy do TK prezydent wskazał przyznanie ministrowi sprawiedliwości kompetencji żądania przekazania akt spraw sądowych, w ramach sprawowania przez niego zewnętrznego nadzoru administracyjnego. Inną wątpliwością konstytucyjną była wpisana do ustawy możliwość żądania przez ministra sprawiedliwości od rzecznika dyscyplinarnego podjęcia czynności dyscyplinarnych wobec sędziego.
W opinii prezydenta dodatkowo wątpliwości budzi upoważnienie ministra do przetwarzania danych osobowych stron, pełnomocników i innych uczestników postępowań sądowych oraz powierzenie ministrowi funkcji administratora tego rodzaju danych osobowych - zaznaczyła kancelaria.
Uchwalone przez parlament przepisy zakładały, że nadzór ten będzie wykonywany poprzez delegowanych do MS sędziów sądów wojskowych. Wcześniej taki nadzór wykonywał Departament Sądów Wojskowych w Ministerstwie Sprawiedliwości, zlikwidowany nowelizacją ustawy z sierpnia 2011 r.