Przyjęte przepisy wprowadzają zewnętrzny nadzór ministra sprawiedliwości nad działalnością administracyjną sądów wojskowych. Nadzór ten będzie wykonywany poprzez delegowanych do MS sędziów sądów wojskowych. Wcześniej taki nadzór wykonywał Departament Sądów Wojskowych w Ministerstwie Sprawiedliwości, zlikwidowany nowelizacją ustawy z sierpnia 2011 r.
W przepisach dotyczących nadzoru mają znaleźć się regulacje dotyczące analizy i oceny prawidłowości oraz skuteczności wykonywania wewnętrznego nadzoru administracyjnego przez prezesów sądów wojskowych. Nadzór ma objąć także czynności na wypadek wystąpienia uchybień w działalności sądów i czynności dotyczące reprezentowania Polski przed Europejskim Trybunałem Praw Człowieka.
W przypadku stwierdzenia istotnych nieprawidłowości minister sprawiedliwości będzie mógł zarządzić przeprowadzenie lustracji sądu, jego wydziału albo dokonać lustracji działalności nadzorczej prezesa sądu.
Kandydat na prezesa sądu wojskowego będzie musiał uzyskać pozytywną opinię zgromadzenia sędziów sądów wojskowych. Jeśli zgromadzenie w ciągu dwóch miesięcy nie wyda opinii, minister sprawiedliwości w porozumieniu z szefem MON będzie mógł powołać prezesa. Jeśli zgromadzenie wyda negatywną opinię minister sprawiedliwości w porozumieniu z szefem MON będzie mógł go powołać po pozytywnej opinia Krajowej Rady Sądownictwa. Negatywna opinia KRS będzie dla ministra wiążąca. KRS będzie miała 30 dni na wydanie opinii. Jeśli tego nie zrobi, będzie to oznaczać, że kandydat uzyskał opinię pozytywną. (PAP)