Przystąpienie Unii do konwencji mogłoby oznaczać m.in., że Europejski Trybunał Praw Człowieka (ETPC) w Strasburgu, który wydaje wyroki i opinie dotyczące EKPC, byłby nadrzędny wobec Trybunału Sprawiedliwości UE.

Opinia unijnego Trybunału ogłoszona w czwartek jest wiążąca, chyba że zmieni się treść porozumienia o akcesji UE do konwencji bądź traktaty unijne, jednak na zmianę tych drugich na razie się nie zanosi. „Respektujemy opinię Trybunału UE. (...) Obowiązek przystąpienia Unii do Europejskiej Konwencji Praw Człowieka nałożył na nią Traktat z Lizbony” - powiedział na konferencji prasowej w Brukseli Margaritis Schinas, główny rzecznik prasowy Komisji Europejskiej. „Komisja przeanalizuje dogłębnie opinię Trybunału, która porusza ważne kwestie prawne o naturze konstytucyjnej” - dodał rzecznik. To właśnie Komisja w 2013 r., po zakończeniu negocjacji o przystąpieniu do konwencji, zwróciła się do Trybunału o orzeczenie, czy przystąpienie UE do konwencji byłoby zgodne z prawem unijnym.

EKPC, czyli w pełnym brzmieniu Europejska Konwencja o Ochronie Praw Człowieka i Podstawowych Wolności, jest umową międzynarodową zawartą w ramach Rady Europy pomiędzy jej członkami. Obecnie Rada Europy zrzesza 47 państw europejskich, w tym 28 państw członkowskich UE. Trybunał Sprawiedliwości już raz, w 1996 r., stwierdził, że Wspólnota Europejska (poprzednia nazwa Unii) nie ma kompetencji, by przystąpić do EKPC. Jednak od tego czasu Unia poszła naprzód w integracji, rozszerzając wspólne kompetencje.

Traktat z Lizbony, który wszedł w życie w 2009 r., zapewnił, że prawa podstawowe zagwarantowane w EKPC (oraz wynikające z tradycji konstytucyjnych wspólnych państwom członkowskim) stały się częścią prawa unijnego oraz że Unia przystąpi do EKPC. Jednak przystąpienie Unii do konwencji zostało obwarowane pewnymi warunkami, a mianowicie, że nie może mieć ono wpływu na kompetencje UE ani na uprawnienia jej instytucji. To właśnie sprawiło, że Trybunał Sprawiedliwości UE w czwartek wydał negatywną opinię - Trybunał widzi zagrożenie zarówno dla rozdziału kompetencji krajowych i unijnych, jak i dla uprawnień instytucji unijnych, w tym dla samego siebie.

Zdaniem Trybunału Unia, podobnie jak inne strony konwencji, po przystąpieniu do konwencji podlegałaby kontroli zewnętrznej mającej na celu zapewnienie, że przestrzega praw i wolności oraz poddaje się decyzjom i wyrokom Europejskiego Trybunału Praw Człowieka. Mogłoby to też podważyć autonomię unijnego prawa, bo np. doszłoby do sytuacji, w której składające się na UE państwa członkowskie sprawdzałyby siebie nawzajem pod kątem przestrzegania praw podstawowych. W wydanej opinii Trybunał Sprawiedliwości UE przypomniał także o swojej wyłączności na rozstrzyganie sporów między państwami członkowskimi oraz między państwami członkowskimi a Unią, jeśli chodzi o przestrzeganie praw zagwarantowanych w EKPC. Przystąpienie UE do konwencji stwarzałoby trudności w kierowaniu skarg wobec Unii lub krajów członkowskich, wnoszonych do ETPC przez państwa spoza UE.

Strasburski trybunał musiałby oceniać np. regulacje unijne dotyczące podziału kompetencji między UE i państwami członkowskimi. Gdyby wydał decyzję wiążącą dla państwa i UE, groziłoby to naruszeniem rozdziału kompetencji. Ponadto ETPC uzyskałby wyłączną kontrolę sądową w dziedzinie wspólnej polityki zagranicznej i bezpieczeństwa odnośnie do przestrzegania konwencji. Takich prerogatyw nie ma obecnie unijny Trybunał, gdyż pozostają one w gestii krajów członkowskich.

Trybunał Sprawiedliwości UE w Luksemburgu wydaje wyroki w sprawach, ale interpretuje też prawo unijne na prośbę sądów krajowych czy instytucji unijnych. Choć wywód unijnego Trybunału jest logiczny i nie sposób odmówić mu racji, to nie da się nie zauważyć, że w pewnym sensie opiniuje sprawę, która dotyczy jego własnych kompetencji.

Z drugiej strony w opinii tej wyraźnie zakreśla granice, których Unia w obecnej formule nie może przekroczyć. O ile UE jest stroną negocjacji handlowych i członkiem różnych międzynarodowych forów, o tyle przystąpienie do EKPC okazało się niemożliwe m.in. ze względu na podział kompetencji pomiędzy Unię i państwa członkowskie.