Według Sejmu i Prokuratora Generalnego tryb uchwalenia ograniczenia - zgłoszonego jako poprawka Senatu do sejmowej ustawy - był niezgodny z konstytucją. Zgodnie z wnioskiem Komorowskiego TK nie będzie badał merytorycznie kwestii ograniczenia dostępu do informacji publicznej, lecz właśnie tylko poprawność trybu pracy parlamentu nad nowelizacją.
Celem nowelizacji, uchwalonej w połowie września 2011 r., było wprowadzenie do polskiego prawa unijnej dyrektywy o ponownym wykorzystaniu informacji publicznej. Na ostatnim etapie prac legislacyjnych Senat wprowadził do ustawy poprawkę, wniesioną przez sen. Marka Rockiego (PO), zgodnie z którą możliwe jest ograniczenie prawa do informacji ze względu na "ochronę ważnego interesu gospodarczego państwa" w dwóch przypadkach - gdy osłabiałoby to pozycję państwa w negocjacjach np. umów międzynarodowych lub w ramach UE oraz by chronić interesy majątkowe państwa w postępowaniach przed sądami czy trybunałami.
Na ostatnim posiedzeniu Sejmu poprzedniej kadencji posłowie przyjęli poprawkę. Protestowały przeciw niej organizacje pozarządowe, m.in. Helsińska Fundacja Praw Człowieka. Podkreślały, że zapis, jako "niedookreślony", może rodzić pole do nadużyć oraz utajniania informacji publicznej. O zawetowanie ustawy apelowały do prezydenta PiS, PJN i SLD.
25 września 2011 r. Komorowski podpisał nowelizację. Podkreślał, że nie może zlekceważyć argumentu, że ustawa ma na celu implementację przepisów unijnej dyrektywy, która powinna być wprowadzona już sześć lat temu. "A o to dlaczego tak się nie stało należałoby pytać wszystkie poprzednie rządy sprawujące władzę" - oświadczył Komorowski. "Jako prezydent, muszę podjąć decyzję, ważąc między ryzykiem, że Polska zapłaci gigantyczną karę finansową, a chęcią utrzymania czystych zasad procedowania tego rodzaju trudnych ustaw w Sejmie" - wyjaśniał Komorowski.
29 września 2011 r. wystąpił do TK, w trybie tzw. kontroli następczej, o zbadanie zgodności z konstytucją trybu uchwalenia nowelizacji w zakresie dotyczącym poprawki Senatu. Według prezydenta "Senat nie powinien występować w roli inicjatora zmiany na tym etapie prac legislacyjnych".
We wniosku do TK prezydent przypomniał, że w czasie prac sejmowych zrezygnowano z zawartego w rządowym projekcie ograniczenia dostępu do informacji publicznej. Nie podnoszono wówczas niekonstytucyjności tego zapisu; wskazywano zaś na wątpliwości co do proporcjonalności tego ograniczenia. Poprawka Senatu przywracała zaś istotę regulacji z projektu rządowego, choć miała inny kształt redakcyjny niż chciał tego rząd.
Prezydent podkreślił, że sejmowa komisja wniosła o odrzucenie senackiej poprawki, bo sejmowe Biuro Legislacyjne miało wątpliwości co do jej konstytucyjności - wykraczała ona poza kompetencje Senatu, który nie ma prawa wprowadzać nowego przepisu do sejmowej ustawy, a może tylko ją "porządkować".
Prezydent przypomina, że TK uznawał już, że poprawki Senatu muszą się mieścić "w ramach przedmiotowych określonych przez ustawę uchwaloną przez Sejm" oraz muszą być "związane z treścią ustawy". Poprawki Senatu są instytucją odrębną od inicjatywy ustawodawczej Izby Wyższej - zwraca uwagę prezydent. Podkreśla, że Senat wnosi poprawki nie do projektu ustawy, ale do już uchwalonej ustawy, czego konsekwencją jest, że ta sama poprawka w przypadku posła będzie stanowić poprawkę, a w odniesieniu do senatora - inicjatywę ustawodawczą.
Tryb uchwalenia przepisów ograniczających prawo dostępu do informacji publicznej jest niekonstytucyjny - uznała Prokuratura Generalna w stanowisku przesłanym TK. Wiceprokurator generalny Robert Hernand wskazał, że nowelizacja w formie uchwalonej przez Sejm w sierpniu 2011 r. nie regulowała materii objętej zakresem poprawki zgłoszonej później przez Senat. Jak dodał, poprawka Senatu "wykraczała poza konstytucyjnie dopuszczalne ramy" i powinna być ewentualnie zgłoszona przez Senat jako oddzielny projekt nowelizacji w ramach senackiej inicjatywy ustawodawczej.
Także Sejm wnosi o uznanie trybu pracy za niezgodny z konstytucją. "Zbyt szeroki zakres materii poprawek senackich oznacza, że mają one na celu wprowadzenie do ustawy niedopuszczalnej +nowości legislacyjnej+, nieprzewidzianej w ustawie przyjętej przez Sejm w trzecim czytaniu" - napisała do TK marszałek Sejmu Ewa Kopacz. Podkreśliła, że należy przyjąć, iż w toku prac legislacyjnych doszło do "obejścia" prawa inicjatywy ustawodawczej Senatu. Nieodrzucenie przez Sejm zbyt szerokiej poprawki Senatu spowodowało, że doszło do faktycznego zatarcia granicy między konstytucyjnymi instytucjami inicjatywy ustawodawczej oraz poprawki senackiej - podkreśliła.
TK zbada wniosek prezydenta w składzie pięciorga sędziów. Przewodniczącym będzie Marek Zubik, a sprawozdawcą Małgorzata Pyziak-Szafnicka.