Prokurator generalny chciałby likwidacji pionu wojskowego i IPN-owskiego, a także ustanowienia swojej autonomii budżetowej. Doskwiera mu także brak instrumentów pozwalających wpływać na decyzje prokuratorów i na przykład korygować ich niewłaściwe decyzje dotyczące przedstawienia zarzutów. Dla ministra sprawiedliwości natomiast likwidacja prokuratury wojskowej to, zdaje się, granica tego, co można w tej chwili zgodnie ustalić. Już wiadomo, że rząd nie jest skłonny przyznać prokuraturze większej swobody decyzyjnej w sferze budżetowania, minister sprawiedliwości chciałby natomiast takich zmian, które doprowadziłyby „do demokratycznej kontroli parlamentu nad całą prokuraturą”, po to, by posłowie mogli usłyszeć od prokuratora generalnego wyjaśnienia w sprawach, w których ich wyborcy czuli się pokrzywdzeni. I tak oto stanęliśmy na rozstajach.

W dyskusji na temat organizacji prokuratury nie chodzi o komfort rządzących

Stosunkowo łatwo było – jak widać – uzyskać porozumienie co do tego, że podwładny nie powinien zbytnio wybijać się na niepodległość. To zrozumiałe – szczególnie ze strony osób, które jednoosobowo pełnią funkcje kierownicze, a tak jest zarówno w przypadku prokuratora generalnego, jak i ministra sprawiedliwości czy ministra obrony narodowej.
Nikt też, kto odpowiada za funkcjonowanie całej struktury, nie będzie lubił zbyt dużej autonomii jej części. Niezależność organizacyjna w ramach struktury zhierarchizowanej to właściwie contradictio in adiecto. Jeśli świadomie wprowadzamy ją do danej organizacji, z góry możemy być pewni wystąpienia w niej konfliktu. W strukturach zhierarchizowanych obowiązuje co do zasady instytucja polecenia służbowego, które w pewnych wypadkach, ściśle przez prawo wskazanych, może być przez podwładnego kwestionowane. Ale czy o tego rodzaju organizację, konstruowaną na wzór wojska, policji czy chociażby służby cywilnej chodziłoby nam w przypadku prokuratury? Całkiem niedawno przecież słyszeliśmy o wynaturzeniach pionowego podporządkowania z ust prokuratora, który widział jedno tylko remedium na wewnętrzną patologię prokuratury: odcięcie zwierzchnikom telefonów do podwładnych.
A zatem prokuratura musi być wewnętrznie zorganizowana inaczej niż typowa struktura urzędnicza, wojskowa czy paramilitarna. Tu samodzielność tzw. liniowego prokuratora powinna być zdecydowanie większa. Rzeczą dyskusji jest określenie zakresu tej zdecydowanie większej niż w przypadku oficera (cywilnego czy militarnego) swobody decyzyjnej, ale jedno wydaje się pewne: najpierw trzeba jasno zdefiniować funkcje prokuratora w śledztwie i dochodzeniu, jak też w całym postępowaniu karnym oraz zakres jego swobody decyzyjnej, a także środki kontroli. Dopiero w następnym etapie można mówić o strukturze całej prokuratury jako organie państwa i tym samym organizacji.
Najpierw trzeba więc doprecyzować rolę prokuratora poprzez nowelizację kodeksu postępowania karnego, a w dalszej kolejności możemy się zastanawiać, w jakie instrumentarium wyposażymy całą prokuraturę oraz jak określimy jej relacje z innym organami państwa. Dopiero wtedy też będzie można sensownie mówić o rzetelnej konstytucjonalizacji prokuratury. W przeciwnym wypadku ruszymy wyboistą drogą donikąd.
W tej dyskusji nie może w ogóle chodzić o komfort rządzących; regulacje dotyczące postępowania karnego to w pełni archimedesowy punkt podparcia organizmu państwowego wraz z wypełniającą go strukturą społeczną. Jest się naprawdę o co bić.