Ustawa, przyjęta przez Sejm 22 stycznia 2010 roku, przewiduje audyt zewnętrzny Izby co najmniej raz na trzy lata oraz wprowadza kadencyjność dyrektorów i wicedyrektorów NIK od 2013 roku.
W lutym wniosek w sprawie ustawy skierował do Trybunału Konstytucyjnego prezydent Lech Kaczyński. W październiku ustawa została wycofana z TK, a w listopadzie podpisał ją prezydent Bronisław Komorowski. Teraz czeka na publikację w Dzienniku Ustaw.
We wniosku do TK Lech Kaczyński zakwestionował audyt zewnętrzny NIK, bo - według niego - "w niedostateczny sposób zabezpiecza on działalność NIK przed ingerencją podmiotów zewnętrznych, a tym samym nie zapewnia ochrony interesu państwa, jakim jest zachowanie samodzielności i niezależności naczelnego organu kontroli państwowej". Sama definicja "audyt zewnętrzny" pozostaje - jak napisano w uzasadnieniu wniosku - w sprzeczności z zasadą określoności przepisów prawa.
W październiku prezydent Bronisław Komorowski wycofał wniosek swego poprzednika. Trybunał w postanowieniu dotyczącym umorzenia sprawy zaznaczył, że "nie może kontynuować postępowania w sytuacji, gdy wniosek nie jest popierany przez wnioskodawcę". "Wnioskodawca może do rozpoczęcia rozprawy wycofać wniosek (). Nie ma żadnych powodów, by sądzić, że reguła ta nie dotyczy Prezydenta" - zaznaczył TK.
Najwięcej kontrowersji w trakcie prac nad nowelizacją ustawy o NIK budziła sprawa audytu zewnętrznego Izby. W trakcie prac sejmowych wprowadzono dodatkowe zapisy, dotyczące audytu. Natomiast Senat zgłosił poprawkę, mówiącą wprost, że audyt nie może dotyczyć działalności kontrolnej Izby. Sejm jednak ją odrzucił, uznając, że dalsze doprecyzowywanie przepisów jest niezasadne.
Przeciwny wprowadzeniu zapisu o audycie był prezes NIK Jacek Jezierski. Jego zdaniem ogranicza on niezależność Izby. Krytycznie odniósł się też do zmian, dotyczących procedury kontrolnej i zastąpienia dwóch dokumentów pokontrolnych - jednym. W ocenie prezesa zmiany te "zagrażają jakości kontroli państwowej".
Nowelizacja ustawy o NIK ustala liczbę wiceprezesów na trzech. Wprowadza zapis, że dyrektorzy i wicedyrektorzy NIK są powoływani na pięcioletnią kadencję, ale przepis ma obowiązywać dopiero od roku 2013. Dyrektorzy i wicedyrektorzy NIK, po upływie kadencji, będą przenoszeni na stanowisko radcy w tej samej miejscowości, w której pełnili swoją funkcję.
Jak powiedział PAP w piątek rzecznik NIK Paweł Biedziak, od kilku miesięcy trwają już przygotowania w NIK do wdrożenia tej ustawy. "Czeka nas sporo wysiłku, głównie w dziedzinie kontroli, gdyż będziemy mieć do czynienia ze zmienionymi przepisami w tym zakresie. Wszyscy kontrolerzy będą musieli przejść przeszkolenie. Część z nich w 2011, część - w 2012 r. Wdrożenie nowych przepisów dotyczących kontroli to podstawowa sprawa" - podkreślił rzecznik NIK.