Krajowej Radzie Sądownictwa nowela się nie podoba, bo jej zdaniem nie prowadzi ona do zażegnania trwającego od kilku miesięcy sporu o trybunał; wprost przeciwnie – jej zdaniem ustawa pogłębia kryzys i utrudnia wykonywanie zadań nałożonych na Trybunał. Co więcej, w ocenie sędziów, obecne regulacje powodują, iż TK nie może funkcjonować w pełni niezależnie od władzy ustawodawczej i wykonawczej, co godzi w niezależność Trybunału i niezawisłość jego sędziów.
Rada kwestionuje m.in. przepis, zgodnie z którym obecnie o wygaśnięciu mandatu sędziego TK decyduje Sejm. Wcześniej takie uprawnienie przysługiwało tylko zgromadzeniu ogólnemu sędziów TK.
Ponadto KRS nie zgadza się również z tymi zapisami noweli, które przyznają ministrowi sprawiedliwości oraz prezydentowi prawo do wystąpienia z wnioskiem o wszczęcie postępowania dyscyplinarnego wobec sędziego Trybunału Konstytucyjnego.
Kolejnym zakwestionowanym przepisem jest ten, który wprowadza wymóg kwalifikowanej większość 2/3 głosów przy udziale co najmniej 13 sędziów do wydania przez Trybunał Konstytucyjny orzeczenia.