Jednym z problemów związanych z ENA, z jakimi spotkał się RPO, jest stosowanie art. 607n par. 1 kodeksu postępowania karnego (k.p.k.). Zgodnie z nim osobę ściganą wydaje się organowi sądowemu państwa, który ENA wystawił, w ciągu 10 dni od uprawomocnienia się postanowienia o przekazaniu. Zdaniem RPO tak krótki okres uniemożliwia skierowanie i rozpatrzenie kasacji przez osobę przekazywaną. A to z kolei budzi wątpliwości z punktu widzenia ochrony jej praw. Jeżeli po rozpatrzeniu kasacji okaże się, że istniały przesłanki obligujące do wydania odmownej decyzji co do wydania, to osoba ścigana i tak będzie znajdować się już na terenie innego państwa.
– Zasadny wydaje się postulat wstrzymania wydania osoby ściganej do czasu rozpoznania kasacji – pisze Irena Lipowicz.
Ponadto RPO wskazuje, że z wykonaniem ENA często łączy się zastosowanie wobec osoby ściganej tymczasowego aresztowania. Zgodnie z art. 249 par. 1 k.p.k. tymczasowe aresztowanie można stosować tylko, gdy zebrane dowody wskazują na duże prawdopodobieństwo, że oskarżony popełnił przestępstwo. A tymczasem w orzecznictwie sądowym występują rozbieżności co do tego, czy sąd może sprawdzać, czy wniosek o przekazanie ma podstawy dowodowe. Zdaniem RPO stosowanie tymczasowego aresztowania wobec osoby ściganej ENA bez oceny zebranego materiału dowodowego jest niezgodne m.in. z zasadą domniemania niewinności.