Nowy traktat UE wchodzi w życie z dwuletnim opóźnieniem. Miał wejść w życie na początku 2009 roku, kończąc trwające od 2002 roku dyskusje nad reformą instytucjonalną rozszerzonej UE, w formie traktatu konstytucyjnego. Ale projekt eurokonstytucji UE przepadł w 2005 roku w referendach we Francji i Holandii i przywódcy musieli opracować nowy, właśnie Traktat z Lizbony, zwany tak od stolicy Portugalii, w której został podpisany w grudniu 2007 roku.

Jednak i na drodze ratyfikacji Traktatu z Lizbony pojawiły się przeszkody. W ubiegłym roku dokument odrzucili w referendum Irlandczycy i musieli je powtórzyć w październiku tego roku (tym razem aprobując dokument) po uzyskaniu od partnerów z UE zobowiązania, że Irlandia, tak jak każdy kraj członkowski, utrzyma komisarza w Komisji Europejskiej oraz prawnych gwarancji, że dokument nie naruszy neutralności kraju ani narodowych kompetencji Irlandii w polityce podatkowej i w sprawie aborcji.

Potem pojawił się jeszcze problem Czech, gdzie mimo ratyfikacji traktatu przez parlament, prezydent Vaclav Klaus odmawiał złożenia podpisu aktu ratyfikacyjnego. Ustąpił dopiero po uzyskaniu gwarancji, że Czechy - na wzór Wielkiej Brytanii i Polski - zostaną wyłączone ze stosowania z dołączonej do nowego traktatu Karty Praw Podstawowych. Klaus argumentował, że zapobiegnie to ewentualnym roszczeniom sudeckich Niemców, wypędzonym z Czechosłowacji na mocy dekretów Benesza z 1945 roku.

W Traktacie z Lizbony odstąpiono od nazwy konstytucja, jak też od unijnych symboli Unii, takich jak flaga i hymn

Traktat Lizboński zachowuje najważniejsze postanowienia instytucjonalne eurokonstytucji, a wśród nich utworzenie stanowiska przewodniczącego Rady Europejskiej, którego nieco na wyrost nazywa się prezydentem UE. Na pierwszego "prezydenta" UE wybrano Belga Hermana Van Rompuya. Jego kadencja ma trwać 2,5 roku z możliwością odnowienia. Ma on przejąć rolę pełnioną obecnie przez premierów państw sprawujących półroczne przewodnictwo UE w reprezentowaniu Unii na świecie, np. na szczytach UE z Rosją czy innymi państwami trzecimi. Ta nowa twarz UE miała być odpowiedzią na powszechną krytykę, że UE brakowało dotąd "jednego numeru telefonu", pod który mógłby zadzwonić prezydent USA.

Drugie stanowisko, które ma zwiększyć widoczność UE na arenie międzynarodowej, to wzmocniony Traktatem z Lizbony wysoki przedstawiciel UE ds. polityki zagranicznej, na które przywódcy wybrali brytyjską baronessę Catherine Ashton. Traktat zakłada, że będzie ona wiceprzewodniczącą Komisji Europejskiej, odpowiedzialną za kilkutysięczną unijną służbę dyplomatyczną (tzw. Europejska Służba Działań Zagranicznych).

W Traktacie z Lizbony odstąpiono od nazwy konstytucja, jak też od unijnych symboli Unii, takich jak flaga i hymn ("Oda do radości" Beethovena), by nie sugerować, że UE jest superpaństwem. Traktat zawiera jednak listę wartości, na których opiera się Unia, nie zapominając przy tym o "poszanowaniu tożsamości narodowej". W preambule, wbrew staraniom Polski, nie znalazło się odwołanie do chrześcijańskich korzeni Europy. Nawiązano natomiast do "kulturalnego, religijnego i humanistycznego dziedzictwa Europy".

Traktat przewiduje, że do 2014 roku wszystkie państwa członkowskie zachowają prawo do delegowania do Brukseli po jednym komisarzu

Usprawnieniu Unii służy zastąpienie zasady jednomyślności w Radzie (ministrów) UE (czyli zniesienie prawa weta pojedynczych państw) w ponad 40 sprawach, głównie proceduralnych. Weto utrzymano jednak w tak zasadniczych kwestiach, jak zmiany w traktatach, poszerzenie UE, polityka zagraniczna i obronna, zabezpieczenie socjalne, podatki i kultura.

Najwięcej kontrowersji w Polsce wzbudziły zapisy dotyczące podejmowania decyzji w Radzie UE w dziedzinach, w których stanowi ona kwalifikowaną większością głosów. Na wniosek Polski przywódcy państw UE uzgodnili, że praktycznie do 2014 roku będą obowiązywały dotychczasowe, korzystne dla Polski zasady głosowania w Radzie UE, które przewiduje Traktat z Nicei. Dopiero potem zacznie obowiązywać system podwójnej większości państw (55 proc.) i obywateli (65 proc.) przepisany z eurokonstytucji.

Jednak - też na wniosek Polski - przez prawie trzy kolejne lata, od 1 listopada 2014 do 31 marca 2017 roku, każdy kraj będzie mógł zażądać powtórnego głosowania w systemie nicejskim i jeśli zbuduje mniejszość blokującą, decyzja nie zapadnie.

Traktat przewiduje też, że do 2014 roku wszystkie państwa członkowskie zachowają prawo do delegowania do Brukseli po jednym komisarzu. Później liczba komisarzy może zostać zredukowana do dwóch trzecich liczby państw, chyba że Rada Europejska (przywódcy) jednogłośnie postanowi inaczej. Wystarczy decyzja na szczycie UE, bez renegocjacji traktatu, by utrzymać zasadę jeden kraj - jeden komisarz, co już obiecano Irlandii. Liczba deputowanych Parlamentu Europejskiego wyniesie w nowym traktacie 751, w tym przewodniczący PE. Traktat precyzuje, że najludniejsze państwo Unii (obecnie Niemcy) będzie miało 96 eurodeputowanych (teraz 99), a mające najmniej mieszkańców (Malta i Luksemburg) po sześciu. Przywódcy, w osobnej decyzji, zatwierdzili na szczycie w Lizbonie w październiku ub.r. podział miejsc dla pozostałych państw UE, w tym dla Polski - 51 eurodeputowanych.