O tym, że sprawa trafiła do sądu administracyjnego, DGP informował jako pierwszy we wrześniu 2016 r. Pisaliśmy wówczas, że trzy osoby spośród dziesięciu niepowołanych zdecydowały się złożyć skargę do WSA w Warszawie. Podnosiły w niej m.in., że odmowa powołania sędziego mimo wniosku Krajowej Rady Sądownictwa stanowi naruszenie konstytucji. Dlatego też domagały się m.in. uchylenia postanowienia prezydenta oraz uznania ich uprawnienia do powołania zgodnie z wnioskiem KRS.

WSA stwierdził jednak, że nie ma mandatu do badania, w jaki sposób głowa państwa wykonuje swoją kompetencję (postanowienie z 29 grudnia 2016 r., sygn. akt II SA/Wa 1652/16). Argumentował, że postanowienie o odmowie powołania sędziów nie zostało wydane w sprawie z zakresu administracji publicznej. WSA podkreślił, że „jest to czynność niezawisła i dyskrecjonalna, która nie podlega kontroli sądu administracyjnego”.

Sędziowska trójka nie złożyła jednak broni i wniosła skargę kasacyjną do NSA. W międzyczasie swoje skargi wystosowali również RPO oraz HFPC. Ten pierwszy podkreślał m.in., że sprawa dotyczy tak fundamentalnych zagadnień, jak granica ingerencji władzy wykonawczej w sferę funkcjonowania odrębnej i niezależnej władzy sądowniczej czy też rzeczywistego zapewnienia podziału i równowagi tych władz.