KE argumentowała wówczas, że choć od 2004 r. Polskę obowiązują rygorystyczne unijne przepisy dotyczące zanieczyszczeń, których źródłem są azotany, to Polska za mało zrobiła, aby te przepisy wdrożyć. Komisja zarzucała polskim władzom, że nie określiły precyzyjnie wód zagrożonych zanieczyszczeniem azotanami pochodzenia rolniczego, nie wskazały wystarczającej liczby strefy zagrożonych, ani nie podjęły środków mających na celu zwalczanie zanieczyszczeń azotanami w tych strefach.
Sędziowie w Luksemburgu przyznali rację KE. Orzekli, że "nie określając w wystarczający sposób wód, które mogą zostać zanieczyszczone azotanami pochodzenia rolniczego, wyznaczając w sposób niewystarczający strefy zagrożenia i przyjmując programy działania obejmujące środki niezgodne z dyrektywą (...) Polska uchybiła zobowiązaniom spoczywającym na niej na mocy tej dyrektywy" - poinformowano w komunikacie Trybunału.
Według Trybunału choć państwa UE mają swobodę przy określaniu wód zagrożonych, to swoboda ta nie może prowadzić do pominięcia dużej części wód i obszarów zanieczyszczonych azotem. "Zobowiązanie zakwalifikowania wód jako wód wrażliwych nie występuje tylko w przypadkach, w których przyczyną ich zanieczyszczenia jest rolnictwo" - wskazuje Trybunał. Ocenia również, że metody zastosowane przez Polskę do określenia wód zanieczyszczonych są "błędne i prowadzą do pominięcia dużej ilości wód zanieczyszczonych".
Sędziowie wskazali też, że Polska naruszyła m.in. ustanowione w dyrektywie kryterium eutrofizacji (nadmierne wzbogacanie się zbiorników wodnych w substancje odżywcze) przy określeniu, jako wód wrażliwych, naturalnych jezior słodkowodnych i innych zbiorników słodkiej wody. Kryterium to wymaga określenia wód, które mają lub mogą mieć w niedalekiej przyszłości wysoki pierwiastek m.in. fosforu i azotu, utrudniający rozwój życia roślin i zwierząt w tych wodach (tzw. wody eutroficzne). Ponadto, przy określaniu wód przez Polskę nie zostały wystarczająco uwzględnione stężenia azotanów powierzchniowych w wodach słodkich, ani też stężenia azotanów w wodach podziemnych.
Zdaniem Trybunału niewyznaczenie w Polsce w sposób wystarczający stref zagrożenia powoduje, że programy przeciwdziałania zanieczyszczeniom nie obejmują wszystkich obszarów, które powinny były być objęte taką ochroną. Nie można tego tłumaczyć stosowaniem przepisów regulujących w sposób ogólny działalność rolniczą na całym terytorium państwa, ani dobrowolnymi działaniami - ocenili sędziowie w Luksemburgu. Wskazują, że Polska nie skorzystała z możliwości wyznaczenia "całego terytorium kraju jako strefy zagrożenia i wprowadzenia programu działania obejmującego jej całe terytorium".
Trybunał stwierdził również, że Polska naruszyła dyrektywę, bo zakaz stosowania nawozów na gruntach o dużym nachyleniu nie obejmuje wszystkich rodzajów nawozów i jest ograniczony do gruntów pozbawionych okrywy roślinnej. W ocenie Trybunału Polska nie zastosowała się też - jeżeli chodzi o regiony zachodniopomorski i warszawski - do obowiązku ustanowienia okresów, w których obowiązuje zakaz stosowania wszystkich rodzajów nawozów (a nie tylko nawozów organicznych).
Zdaniem sędziów bezzasadny jest natomiast zarzut Komisji dotyczący niezawarcia ani w prawie krajowym ani w programach działania metody, za pomocą której rolnicy mogą obliczyć zapotrzebowanie roślin na azot.
Ministerstwo Środowiska w komunikacie opublikowanym po ogłoszeniu orzeczenia TSUE podkreśliło, że Polska respektuje wyroki sądowe, w tym czwartkowy wyrok Europejskiego Trybunału Sprawiedliwości i prowadzi dalsze działania zmierzające do prawidłowego wyznaczenia obszarów wód, które mogą być dotknięte zanieczyszczeniami pochodzenia rolniczego.
"Analizujemy tekst wyroku wraz z uzasadnieniem. Na obecnym etapie wyroku Polsce nie grożą żadne kary finansowe" - poinformował resort.