Za nowelizacją głosowało 279 posłów, przeciw było 140, nikt nie wstrzymał się od głosu. Wcześniej Sejm odrzucił propozycje poprawek, autorstwa PiS, wykreślających niektóre ze zmian zawartych w nowelizacji. Przyjęte zostały jedynie cztery redakcyjne poprawki zgłoszone przez PO i dotyczące m.in. dostosowania przepisów do uchwalonej już przez Sejm kilka tygodni temu ustawy o Krajowej Radzie Sądownictwa.
Nowelizacja zaproponowana przez resort sprawiedliwości dotyczy m.in. zmiany systemu oceniania sędziów i prokuratorów, wzmocnienia pozycji prezesów sądów apelacyjnych i zmian w strukturze organizacyjnej sądów. Od kilkunastu miesięcy zmiany te wywoływały kontrowersje w środowisku prawniczym. Protestują przeciwko nim środowiska sędziowskie i prokuratorskie, krytyczna była też Krajowa Rada Sądownictwa.
W nowelizacji zaproponowano m.in. wprowadzenie systemu indywidualnych ocen pracy sędziów i prokuratorów. W ocenie resortu ma to pomóc słabszym sędziom poprawić orzecznictwo, a także wpłynąć na poprawę jakości funkcjonowania wymiaru sprawiedliwości. Miałyby to być oceny opisowe, które byłyby dołączane do protokołu powizytacyjnego. Zgodnie z przyjętymi przepisami sędzia niezgadzający się z oceną mógłby złożyć swoje uwagi wraz z uzasadnieniem. Zdaniem organizacji sędziowskich system ten może godzić w niezależność sędziów.
Nowelizacja odnosi się także do kwestii zarządzania sądami, aby uwolnić sędziów od obowiązków administracyjnych, resort chce powierzyć je dyrektorom sądów, którzy byliby powoływani z grona specjalistów od zarządzania. Menedżer-zarządca sądu ma odpowiadać za kadrę niesędziowską i infrastrukturę sądów.
Zgodnie z planami przepisy o dyrektorach sądów miałyby wejść w życie dopiero od początku 2013 r. Rok 2012 miałby być natomiast poświęcony na przygotowanie się sądów do tych zmian - dyrektorzy sądów mogliby obejmować swe obowiązki w niektórych sądach przed 2013 r. na zasadzie pilotażowej, byłyby to jednak decyzje dobrowolne.
Zmiany dotyczą także struktury sądów. Wprowadzona została zasada, że w sądach będą wydziały karne i cywilne, zaś wydziały gospodarcze, rodzinne czy pracy - już tylko można będzie utworzyć, jeśli na danym terenie jest takie zapotrzebowanie. Te wydziały, które zostaną uznane za zbyt małe lub nieefektywne, mają być zlikwidowane.
Resort sprawiedliwości wyjaśniał, że zmiany w u.s.p. nie przewidują automatycznej likwidacji wydziałów rodzinnych. "Nie zakłada się bowiem zmian struktury wydziałowej w sądach, w których jest ona ukształtowana prawidłowo" - zaznaczało ministerstwo. Ministerstwo wielokrotnie podkreślało, że zmiany mają usprawnić zarządzanie w sądach, a w nowelizacji zaznaczono, że odnośnie przydziału spraw poszczególnym sędziom uwzględniana będzie ich specjalizacja.
Wykreślenia przepisów o dyrektorach sądów i odnoszących się do sądowych wydziałów postulowało PiS. Według tego klubu nowelizacja zbytnio poszerza wpływ resortu sprawiedliwości na sądownictwo, zaś zmiany w strukturze mogą spowodować, że na przykład sprawy rodzinne będą rozpatrywać sędziowie niewyspecjalizowani w tej dziedzinie prawa.
W połowie stycznia w sprawie tych zmian w u.s.p. odbyło się w Sejmie wysłuchanie publiczne. Większość jego uczestników m.in. ze Stowarzyszenia Sędziów Polskich "Iustitia" negatywnie oceniała projekt. Ich zdaniem doprowadzi on do zwiększenia poziomu biurokracji i nie wzmocni sądownictwa oraz całego wymiaru sprawiedliwości.