20 grudnia 2007 r. w liście do polskiego ambasadora przy UE zastępca sekretarza generalnego KE tłumaczył się: "Z powodu technicznego błędu powiadomienie nie dotarło do Polski w dniu przyjęcia powyższej decyzji. Po ustaleniu, że powiadomienie nie dotarło do nadawcy, Komisja powiadomiła Polskę o tej decyzji w dniu 4 grudnia 2007 r.".

W tym samym liście KE powtórzyła, że Polska nie może wprowadzać zakazu upraw GMO oraz próbowała zniechęcić rząd do podważania tej decyzji w Luksemburgu. "Uprzejmie przypominamy, iż państwo członkowskie nie powinno wykorzystywać przyczyn formalnych jako podstawy naruszenia istotnych części prawa wspólnotowego ani wprowadzać utrudnień w funkcjonowaniu rynku wewnętrznego" - ostrzegał przedstawiciel KE. To nie zniechęciło Polski od złożenia pozwu przeciwko KE, który w toku procedury wsparły jeszcze Czechy, Grecja i Austria.

Pod naciskiem rządów wielu krajów i opinii publicznej, od czasu sporu z Polską KE złagodziła stanowisko w obronie GMO. Przedstawiła propozycję, by kraje UE same decydowały, czy chcą zezwolić, czy zabronić uprawy roślin genetycznie modyfikowanych na części lub całości swego terytorium. Nie będą jednak mogły zakazać importu i handlu dopuszczonymi w UE odmianami kukurydzy, soi, buraków cukrowych czy bawełny GMO. Bez zmian ma pozostać unijny system, oparty na opinii naukowców i ocenie wpływu na środowisko i zdrowie ludzi, autoryzacji konkretnych odmian do dopuszczenia na rynek UE.