Pięć lat będzie trwała kadencja dyrektorów i wicedyrektorów NIK. Co trzy lata w Izbie będzie wykonywany audyt zewnętrzny.
Kadencyjność władz Najwyższej Izby Kontroli, ustalenie liczby wiceprezesów na trzech oraz przeprowadzanie co najmniej raz na trzy lata audytu zewnętrznego w zakresie finansowym to najważniejsze zmiany, jakie wprowadza uchwalona przez Sejm nowelizacja ustawy o Najwyższej Izbie Kontroli.
Posłowie przegłosowali przepis, który stanowi, że Izba będzie poddawana audytowi zewnętrznemu. Ta zmiana wywołała burzliwą dyskusję wśród posłów. Przeciwny jej był także prezes NIK Jacek Jezierski. Jego zdaniem nowe przepisy pozwolą audytorowi, a więc prywatnej firmie, na wgląd w dokumenty dotyczące m.in. bezpieczeństwa energetycznego czy obronności kraju.
Z kolei Zdzisława Janowska, posłanka z Socjaldemokracji Polskiej, pytała, jakie ustawodawca daje gwarancje, że osoby wykonujące audyt nie będą kontrolować podmiotów, które wcześniej były negatywnie ocenione przez NIK.
Mirosław Sekuła, poseł z Platformy Obywatelskiej, który był sprawozdawcą projektu, przypomniał, że firma zewnętrzna kontrolować będzie Izbę tylko w zakresie finansowym, nie w zakresie kontrolnym.
Kolejną zmianą jest wprowadzanie pięcioletniej kadencji dyrektorów i wicedyrektorów Izby. Wejście w życie tego przepisu zostało jednak odsunięte w czasie do 2013 roku. Posłowie nie zdecydowali się jednak na wprowadzenie zmiany, zgodnie z którą przedstawiciele marszałka Sejmu mieli zasiadać w komisjach konkursowych wyłaniających dyrektorów i wicedyrektorów.
Nowela ustala stałą liczbę wiceprezesów na trzech. Obecnie przepisy stanowią, że marszałek Sejmu może powołać od dwóch do czterech wiceprezesów. Sejm zrezygnował jednak z zapisu, który pozwalał marszałkowi Sejmu na powoływanie wiceprezesa NIK bez konsultacji z szefem Izby, w sytuacji gdy wiceprezes, o którego wnioskował prezes NIK, nie został powołany w ciągu trzech miesięcy.