Naczelny Sąd Administracyjny odmówił wydania uchwały abstrakcyjnej w sprawie osób domagających się wykreślania swych danych z ksiąg kościelnych. Uznał, że nie ma rozbieżności w orzecznictwie.
Osoby, które dokonały apostazji, chciałyby, aby fakt ten był odnotowany w księgach kościelnych. Same jednak nie są w stanie przymusić do tego proboszczów. Dlatego zwracają się z prośbą o interwencję do generalnego inspektora ochrony danych osobowych. Początkowo GIODO odmawiał, uznając, że nie ma do tego prawa ze względu na autonomię Kościoła. Zmieniły to orzeczenia sądów administracyjnych uznające, że w przypadku osób, które skutecznie dokonały aktu apostazji, GIODO ma uprawnienia kontrolne, gdyż nie są już one członkami Kościoła. Pojawił się jednak problem, jak to udowodnić.
W orzecznictwie NSA zarysowały się różne podejścia do tego problemu. Jedno odwołuje się do prawa kanonicznego i uznaje, że tylko Kościół jest władny stwierdzić skuteczność wystąpienia z niego. W drugim stwierdzono prymat przepisów państwowych. Na tej podstawie GIODO wszczynał kontrolę i wydawał decyzje zobowiązujące do aktualizacji danych osobowych apostatów. Zostały one jednak zaskarżone do sądów, które uznały, że nie miał do tego prawa. Wyroki te, podtrzymane przez NSA, uznawały, że jedynym dowodem na potwierdzenie wystąpienia z Kościoła może być świadectwo chrztu z odnotowanym na nim potwierdzeniem apostazji.