FIO to wiodący program udzielania przez Ministerstwo Rodziny, Pracy i Polityki Społecznej dotacji z budżetu państwa sektorowi organizacji pozarządowych. Z wystąpienia pokontrolnego NIK wynika, że brakowało w nim przede wszystkim podstaw do rzetelnej oceny trwałości i jakości dotowanych projektów. Ich różnorodność, swoboda wnioskodawców w ustalaniu rezultatów i brak standardów ich pomiaru utrudniały ekspertom porównywanie nakładów i efektów pomiędzy wnioskami o dotacje zgłaszanymi do konkursów ofert.
Co więcej, sposób zarządzania programami FIO komplikował porównywanie nakładów i efektów pomiędzy poszczególnymi ofertami, a tym samym wybór w konkursach najbardziej efektywnych projektów.
Zdaniem NIK sposób sprawowania nadzoru nad wykonaniem dotowanych zadań również nie gwarantował przestrzegania ustawowych zasad efektywności wykorzystania środków publicznych. Stwierdzono przypadki nieprzestrzegania przepisów i procedur obowiązujących przy przyznawaniu i rozliczaniu środków FIO oraz nieskuteczności nadzoru Ministerstwa Rodziny, Pracy i Polityki Społecznej nad ich wykorzystaniem, zwłaszcza w odniesieniu do przypadków zlecania przez beneficjentów FIO realizacji zadań podwykonawcom. Zdarzało się, że nie wskazywano w umowach podwykonawców zadań merytorycznych, a korzystano z ich usług w praktyce. NIK nie stwierdziła, aby resort kwestionował w takich przypadkach poprawność rozliczenia środków.
Izba skierowała do ministra rodziny 12 wniosków. Wskazała w nich m.in. na potrzebę realizacji działań usprawniających bieżącą działalność FIO, w tym: skrócenie czasu przygotowywania umów, zapewnienie terminowego zatwierdzania rozliczeń dotacji, niemodyfikowanie zasad przyznawania dotacji po ogłoszeniu konkursu ofert, a także zapewnienie skutecznego nadzoru nad zawieraniem umów cywilnoprawnych z ekspertami.