Zasady odpowiedzialności zostały ukształtowane rygorystycznie – opłaty sankcyjne są niezależne od przyczyny, dla której dany podmiot nie uzyskał pozwolenia emisyjnego. Takie uproszczenie zasad odpowiedzialności ułatwia egzekwowanie opłat. Warto jednak podkreślić, że w niektórych sytuacjach pobieranie opłat podwyższonych za niezawiniony brak pozwolenia jest niesprawiedliwe. Brak wymaganej decyzji może bowiem wynikać z jej uchylenia ze względów formalnych przez sąd administracyjny lub z przewlekłego prowadzenia postępowania przez organ administracji.

W rezultacie sprawy opłat podwyższonych często trafiają na wokandę sądów administracyjnych. Te zaś czasami uznają, że odpowiedzialność administracyjna, polegająca na obowiązku poniesienia podwyższonej opłaty, ma charakter bezwzględny i wprost wynika z naruszenia wymagań ochrony środowiska poprzez korzystanie z jego zasobów bez koniecznego pozwolenia.

Strona, która z winy działającego niezgodnie z prawem organu poniosła opłaty podwyższone, może co najwyżej dochodzić odszkodowania na drodze cywilnoprawnej.

Czasami jednak sądy administracyjne uznają racje przedsiębiorców i podkreślają, że w każdym indywidualnym przypadku organ administracji zobowiązany jest zbadać, jaka jest przyczyna korzystania ze środowiska bez wymaganego pozwolenia. Zatem o zastosowaniu opłat podwyższonych decydować powinno np. niezłożenie wniosku w terminie.

Dlatego też o tym, czy w danej sytuacji uda się uniknąć ponoszenia opłat sankcyjnych, decydować będą stan faktyczny i umiejętna argumentacja, którą uda się przekonać sąd do zastosowania szerokiej, systemowej wykładni przepisów stanowiącej, że brak pozwolenia nie może automatycznie przesądzać o wymierzeniu opłaty podwyższonej.