Zakwestionowane przepisy skierował do TK we wrześniu 2013 r. prokurator generalny Andrzej Seremet. Trybunał uznał, że rozporządzenie ministra sprawiedliwościnaruszyło art. 92 ust. 1 Konstytucji - minister ustalając obszar właściwości prokuratur zbagatelizował przepis, który jasno i wyraźnie mówi, że właściwość miejscowa prokuratury apelacyjnej musi odpowiadać właściwości sądów apelacyjnych. Przesądza o tym art. 17 ust. 12 ustawy o prokuraturze. Tymczasem w przypadku niektórych prokuratur apelacyjnych odstąpiono od tej reguł (m.in. w Warszawie, Białymstoku i Łodzi).

- W ten sposób minister sprawiedliwości pozbawił to rozporządzenie charakteru wykonawczego wobec ustawy - podkreślał prof. Andrzej Wróbel, sprawozdawca.
W tym zakresie niekonstytucyjne przepisy stracą moc po upływie 12 miesięcy od momentu ogłoszenia wyroku w Dzienniku Ustaw. W pozostałym zakresie TK umorzył sprawę (naruszanie art. 17 ust. 13 ustawy o prokuraturze) .  

Na początku maja resort poniósł przed TK porażkę także w sprawie innego rozporządzenia - pozwalało ono ministrowi sprawiedliwości żądać od prezesów sądów akt spraw sądowych „w uzasadnionych przypadkach”. Również ten przepis skierował do TK Seremet.