Zmiana wysokości opłaty jest pochodną aktualizacji wartości gruntu, która w myśl art. 77 ust. 1 ustawy o gospodarce nieruchomościami może być dokonana w formie wypowiedzenia wyłącznie raz w roku kalendarzowym, w terminie do 31 grudnia poprzedzającego roku.

Gmina działa w tym wypadku jak właściciel, a nie jednostka samorządu terytorialnego wyposażona we władztwo administracyjne. Pismo zawierające w swojej treści propozycję nowej opłaty jest więc niczym innym jak cywilnoprawną ofertą, którą można przyjąć lub nie. Użytkownik wieczysty kwestionujący zasadność nowej opłaty ma prawo w ciągu 30 dni wystąpić z wnioskiem o rozstrzygnięcie sprawy przez Samorządowe Kolegium Odwoławcze (SKO). Wniosek do SKO jest wolny od opłat. Nie jest to typowe odwołanie od decyzji, lecz szczególny środek prawny. W postępowaniu mogą być zgłaszane wszelkie środki dowodowe. Celem użytkownika wieczystego powinno być skuteczne podważenie nowo ustalonej wartości nieruchomości. Z uwagi na to, iż wartość ustalana jest przez rzeczoznawcę majątkowego działającego na zlecenie właściciela gruntu, wskazane jest przedłożenie w trakcie postępowania dobrego kontroperatu. Własne uwagi, zarzuty i zastrzeżenia formułowane przez wieczystego użytkownika zwykle nie są wystarczające. Argumenty socjalne, jak np. trudna sytuacja życiowa użytkownika wieczystego, nie mogą być w tym postępowaniu uwzględniane. Tego typu przypadki kwalifikują się bowiem do innego trybu, np. wniosków o bonifikatę.

Spór przed SKO można zakończyć ugodą. Gdy do niej nie dojdzie, SKO wydaje orzeczenie, w którym może w szczególności ustalić nową wysokość opłaty. Od rozstrzygnięcia SKO przysługuje skarga do sądu powszechnego, mająca de facto postać żądania przekazania akt sprawy z SKO do sądu. Jest to wygodne rozwiązanie, jego minusem są koszty. Za skierowanie sprawy do sądu nie jest bowiem naliczana umiarkowana opłata stała, lecz opłata stosunkowa wynosząca 5 proc. od wartości przedmiotu sporu, tj. od rocznej opłaty za użytkowanie wieczyste. Wielu użytkowników wieczystych uważa jednak, że wydatek ten się opłaca, gdyż sądy są bardziej obiektywne i częściej podzielają racje użytkowników. Z chwilą wniesienia skargi do sądu orzeczenie SKO automatycznie traci moc.

Rozwiązaniem niezwykle istotnym z punktu widzenia użytkowników wieczystych jest to, iż za czas trwania postępowań przed SKO i sądem nie są naliczane odsetki za opóźnienie od kwoty nowej opłaty rocznej. Jak wiadomo postępowania takie mogą trwać kilka miesięcy, a nawet lat, dlatego powyższa reguła może stanowić punkt odniesienia przy podejmowaniu decyzji o zaakceptowaniu podwyżki lub wejściu na drogę sporu. Powyższa kwestia przez jakiś czas była wątpliwa, ostatecznie jednak została przesądzona przez Sąd Najwyższy w uchwale z 23 czerwca 2005 r., sygn. akt III CZP 37/05, OSNC 2006/5/82. Nową opłatę (w wysokości ustalonej przez SKO lub sąd) uiszcza się więc często za okres miniony, tj. za okres od dnia 1 stycznia roku następującego po dacie otrzymania wypowiedzenia, jednakże bez odsetek.