Nowelizacja wprowadza w miejsce dwóch dokumentów pokontrolnych - jeden. Przewiduje audyt zewnętrzny Izby co najmniej raz na trzy lata oraz wprowadza kadencyjność dyrektorów i wicedyrektorów NIK od 2013 roku. Nowelizacja zastępuje dwa dokumenty pokontrolne (protokół i wystąpienie pokontrolne) jednym: wystąpieniem pokontrolnym. Kierownikowi jednostki kontrolowanej ma przysługiwać prawo do zgłoszenia zastrzeżeń do wystąpienia pokontrolnego w ciągu 21 dni.
Najwięcej kontrowersji w trakcie prac nad nowelizacją budziła sprawa audytu zewnętrznego NIK. W trakcie prac sejmowych wprowadzono dodatkowe zapisy, dotyczące audytu. Natomiast Senat wprowadził poprawkę, mówiącą wprost, że audyt nie może dotyczyć działalności kontrolnej Izby.
W czwartek, w trakcie debaty nad poprawkami Senatu, Marek Cebula (PO) podkreślił, że przepisy nowelizacji precyzują w sposób wystarczający, że audyt Najwyższej Izby Kontroli ma dotyczyć jedynie gospodarowania budżetem. Zaznaczył, że dalsze doprecyzowywanie przepisów dotyczących audytu jest niezasadne.
Po przegłosowaniu senackich poprawek w oświadczeniu przesłanym PAP prezes NIK Jacek Jezierski napisał: "Szkoda, że zabrakło sformułowanego wprost zakazu zajmowania się przez audytora działalnością kontrolną NIK". "Być może w tej sprawie będzie musiał wypowiedzieć się Trybunał Konstytucyjny" - zaznaczył. Wyraził też zaniepokojenie zmianami, dotyczącymi procedury kontrolnej i zastąpienia dwóch dokumentów pokontrolnych. W jego ocenie zmiany te "zagrażają jakości kontroli państwowej".
Większość innych proponowanych przez Senat poprawek Sejm przyjął. Zgodnie z nimi prezes NIK będzie miał możliwość odniesienia się do ustaleń audytora zewnętrznego. Sprawozdanie audytora, wraz ze stanowiskiem prezesa NIK, będzie przekazywane marszałkowi Sejmu.
Posłowie przyjęli też poprawkę, wykreślającą zapis o kadencyjności wiceprezesów NIK. Nowelizacja ustawy o NIK ustala liczbę wiceprezesów na trzech. Wprowadza zapis, że dyrektorzy i wicedyrektorzy NIK są powoływani na pięcioletnią kadencję, ale przepis ma obowiązywać dopiero od roku 2013.
Ponadto Sejm zgodził się na senacką poprawkę przewidująca, że dyrektorzy i wicedyrektorzy NIK, po upływie kadencji, będą przenoszeni na stanowisko radcy w tej samej miejscowości, w której pełnili swoją funkcję.