Rząd negatywnie ocenia rozwiązania prezydenckiego projektu nowelizacji ustawy o ochronie danych osobowych. Sprzeciw rządu wzbudza propozycja wprowadzenia wymogu posiadania przez zastępcę Generalnego Inspektora Ochrony Danych Osobowych (GIODO) wykształcenia prawniczego. Rząd krytycznie odnosi się też do rozszerzenia uprawnienia występowania GIODO do organów publicznych z wnioskami, których celem jest zapewnienie skutecznej ochrony danych osobowych. Zdaniem przedstawicieli Rady Ministrów wymagałoby to całkowitej przebudowy procedury określenia, jakie metody i środki odwoławcze przysługują od takiego wystąpienia.

Z krytyką rządu spotkał się także pomysł powołania w terenie delegatur GIODO. Ich zdaniem w dzisiejszej sytuacji budżetowej problemy logistyczne, organizacyjne i finansowe związane z utworzeniem kilku lub kilkunastu ośrodków zamiejscowych mogłyby stanowić zbyt duże obciążenie dla budżetu państwa.