W rozporządzeniu w sprawie przedsięwzięć mogących znacząco oddziaływać na środowisko określono inwestycje, dla których zawsze lub w pewnych sytuacjach trzeba dokonać oceny oddziaływania na środowisko. Czy przy innych inwestycjach nie jest to wymagane?
Wręcz przeciwnie, choć ocena ta dotyczy oddziaływania na obszar Natura 2000. Organ administracji przed wydaniem decyzji wymaganej dla przedsięwzięć innych niż określone we wspomnianym rozporządzeniu ma obowiązek rozważyć, czy planowane zamierzenie może potencjalnie znacząco oddziaływać na obszar Natura 2000. Jeżeli uzna, że to oddziaływanie może wystąpić, zobowiąże inwestora do przedstawienia regionalnemu dyrektorowi ochrony środowiska dodatkowej dokumentacji. Ten zaś, gdy stwierdzi możliwość znaczącego oddziaływania na obszar Natura 2000, nałoży obowiązek przeprowadzenia oceny. W takiej sytuacji inwestor zobowiązany będzie do sporządzenia raportu o oddziaływaniu przedsięwzięcia na obszar Natura 2000, a organy zapewnią społeczeństwu możliwość zapoznania się z dokumentacją przedsięwzięcia i umożliwią składanie uwag i wniosków. Po przeprowadzonej ocenie regionalny dyrektor wyda postanowienie, w którym uzgodni warunki realizacji przedsięwzięcia – chyba że okaże się, że planowane zamierzenie może znacząco negatywnie oddziaływać na obszar Natura 2000 i nie zachodzą wyjątkowe okoliczności dopuszczające realizację przedsięwzięcia.
Uzyskanie postanowienia regionalnego dyrektora ochrony środowiska uzgadniającego warunki realizacji umożliwia organom administracji architektoniczno-budowlanej wydanie decyzji wymaganej do realizacji przedsięwzięcia. Ocena oddziaływania na obszar Natura 2000 może być zatem wymagana w bardzo wielu sytuacjach, gdyż przepisy nie ograniczają katalogu przedsięwzięć wymagających przeprowadzenia takiej oceny. Nie określają również rodzajów decyzji, przed których uzyskaniem konieczne jest przeprowadzenie takiej oceny (tak jak to ma miejsce w przypadku określonych w rozporządzeniu przedsięwzięć mogących znacząco oddziaływać na środowisko).