Z doświadczeń niektórych gmin wynika, że samorządy miały m.in. problemy związane z obrotem mieszkaniami sprzedanymi z bonifikatą. Chodziło o możliwość zwrotu w pewnych okolicznościach kwoty przyznanej bonifikaty. Problemy pojawiały się również przy przygotowywaniu i uchwalaniu procedur sprzedaży nieruchomości z bonifikatą.