W razie niezgodności prawa krajowego z prawem wspólnotowym, wszystkie instytucje państwowe mają obowiązek zastosować „wykładnię prowspólnotową” prawa krajowego a nawet odmówić jego zastosowania
Pomimo znacznych wysiłków poczynionych w zakresie dostosowania polskiego prawa ochrony środowiska do wymogów Unii Europejskiej, wiele polskich szczegółowych uregulowań wciąż nie implementuje w wystarczającym stopniu przepisów dyrektyw unijnych. Dlatego tak ważna jest wiedza na temat tego, jak w takich wypadkach powinny reagować polskie organy administracyjne i sądy, oraz jakich rozstrzygnięć mogą się wówczas spodziewać przedsiębiorcy.
Integralna część prawa polskiego
Wraz z przystąpieniem Polski do Unii Europejskiej, cały obowiązujący na terenie Unii porządek prawny – prawo pierwotne, prawo wtórne oraz orzecznictwo Europejskiego Trybunału Sprawiedliwości - stały się integralną częścią polskiego porządku prawnego. Podstawową zasadą prawa wspólnotowego jest jego nadrzędność nad przepisami prawa krajowego. Zasada ta ma szczególne znaczenie w przypadku kolizji krajowego prawa ochrony środowiska z przepisami prawa wspólnotowego : pierwszeństwo w takim wypadku powinny zawsze uzyskać przepisy tego ostatniego. Co więcej, nawet niezgodność prawa wspólnotowego z polską Konstytucją nie może stanowić przeszkody dla zastosowania prawa Wspólnoty.
Obowiązek stosowania przez wszystkie instytucje państwowe i samorządowe
Zgodnie z orzecznictwem ETS, obowiązek stosowania prawa wspólnotowego, ciąży nie tylko na organach takich jak rząd danego państwa czy jego parlament. Obowiązek ten dotyczy wszystkich instytucji państwowych, a w pewnym zakresie nawet osób prywatnych. Dlatego urzędnik administracji państwowej lub samorządowej nie może odmówić zastosowania prawa wspólnotowego zasłaniając się, że w Polsce obowiązują w zakresie ochrony środowiska inne przepisy (niezgodne z prawem wspólnotowym). Nie ma również podstaw by twierdzić, że do czasu uchylenia przez właściwe organy danej ustawy, rozporządzenia lub innego aktu prawnego, akt ten ma w Polsce moc obowiązującą.
Prowspólnotowa wykładnia prawa krajowego
Podstawowym obowiązkiem urzędów i sądów jest dokonanie tzw. „prowspólnotowej wykładni prawa krajowego”, a więc takiej jego interpretacji, która doprowadzi do osiągnięcia zgodności prawa krajowego z wymogami stawianymi przez prawo wspólnotowe. Zatem w sytuacjach wątpliwych, polskie przepisy o ochronie środowiska winny być tak wykładane, aby spośród wszystkich możliwych sposobów wykładni wybrać ten, który w najpełniejszy sposób realizuje cel danego aktu prawa Unii. W sytuacji skrajnej, jeżeli osiągnięcie celów prawa wspólnotowego w świetle polskiego prawa ochrony środowiska nie jest możliwe, każda instytucja państwowa i samorządowa oraz każdy sąd ma prawny obowiązek odmówić zastosowania prawa polskiego.
Zagadnienia powyższe są ważne dla wszelkich postępowań administracyjnych i sądowych toczonych w sprawach, w których przedsiębiorca może powołać się na obowiązujące w Unii dyrektywy. Jeżeli dana dyrektywa została wadliwe transponowana do polskiego prawa, to ostatnie powinno być zawsze interpretowane „prowspólnotowo” lub wręcz nie powinno znaleźć zastosowania. Nie ma więc w tym wypadku znaczenia powoływany niekiedy argument, że dyrektywy unijne nie mogą być stosowane bezpośrednio.
W polskim systemie sądowym rola prawa wspólnotowego i jego miejsce w obowiązującym w Polsce systemie prawnym jest już uznana. Dowodem na to są zapadające już liczne orzeczenia, w których stwierdzono konieczność zastosowania przepisu prawa Unii Europejskiej zamiast regulacji prawa polskiego. Niestety świadomość obowiązku uwzględniania prawa wspólnotowego przy wykładni prawa krajowego nie dotarła jeszcze do wszystkich organów administracji rządowej i samorządowej. Trzeba się zatem liczyć z tym, że powoływanie się w toku postępowań administracyjnych na argument niezgodności polskiego prawa z prawem Unii, nie zawsze znajdzie zrozumienia. W takim wypadku pozostaje jedynie przedstawienie swych argumentów w toku postępowania sądowego.