Podstawową sprawą dla wszystkich gmin zarządzających komunikacją miejską jest wprowadzenie w życie rozwiązań zgodnych z rozporządzeniem nr 1370/2007 Rady i Parlamentu Europejskiego (Dz.Urz. UE z 2007 r. nr 315), które obowiązuje od 3 grudnia 2009 r. Najistotniejsze w tym jest rozdzielenie funkcji organizatora przewozów od funkcji wykonawcy. Gmina staje się organizatorem, bezpośrednio lub za pośrednictwem specjalnie powołanej jednostki. Jej zadaniem będzie badanie potrzeb przewozowych, planowanie sieci, ogłaszanie zamówień na ich obsługę. Ponosić przy tym będzie koszt refundowania udzielonych ulg w taryfie opłat za przewóz oraz ewentualnych kosztów wyrównania strat z tytułu obsługi przewozów nierentownych. Prawo unijne dopuszcza różne, nie tylko poprzez zamówienie publiczne, formy wyłaniania przewoźnika do obsługi ustalonej przez gminę linii. Zasada wyboru nie może jednak oznaczać naruszenia równych szans konkurencji między podmiotami zajmującymi się transportem publicznym.
Wprowadzenie unijnych przepisów jest trudne, gdyż w większości miast samorząd jest jednocześnie organizatorem i organem założycielskim komunalnego przedsiębiorstwa transportowego. Pojawić się więc mogą zarzuty preferowania swojego przewoźnika czy naruszenia zasad równej konkurencji przez stosowanie pomocy publicznej dla przedsiębiorstwo komunalnego. Poważnym też problemem stanie się planowanie linii.
Dotychczas w większości miast koszty organizacji transportu i związane z tym koszty refundacji strat powodowanych obsługą linii nierentownych ukryte były w ogólnych kosztach utrzymania przedsiębiorstwa komunalnego. Teraz konieczne jest ich wydzielenie. Pierwszym więc efektem widocznym dla mieszkańców będzie zwiększenie zatrudnienia w urzędzie lub w specjalnie stworzonej komórce. Ktoś bowiem fizycznie musi wykonywać pracę związaną z organizacją, wyznaczeniem linii, kontrolą wykonania usługi, a być może także ze sprzedażą biletów i kontrolą opłat za przejazdy. Wyznaczając obsługiwane linie i rozkłady jazdy organizator zderzy się bezpośrednio z rachunkiem ekonomicznym. Do tej pory narzucenie obowiązku obsługi danej linii przez radnych było zajęciem wdzięcznym, bo niekosztownym.
Przyjąć tu można dwa skrajne założenia. Pierwsze – transport zbiorowy jest niezbędny tylko tam, gdzie wskazuje na to rachunek ekonomiczny. To założenie ma swoje racjonalne podstawy, jeśli jakaś linia nie jest rentowna, to znaczy, że brak pasażerów, zatem brak jest racjonalnych argumentów za jej utrzymaniem. Druga skrajność to negacja rachunku ekonomicznego; linie i rozkłady jazdy powinny służyć wyrażanym przez opinię publiczną potrzebom. Zadaniem organizatora transportu (samorządu) jest wybór między tymi skrajnymi założeniami. Można przyjąć jako podstawę rachunek ekonomiczny, lecz warto go dodatkowo uzupełnić szacunkiem kosztów dodatkowych. Chodzi o ewentualny koszt transportu dzieci do szkół (jeśli zlikwidujemy obsługującą je linię autobusową) oraz koszty zwiększenia obciążenia ruchu drogowego transportem indywidualnym, z czym wiąże się szybsze zużycie dróg i problem zapewnienia miejsc parkingowych. Dopiero tak uzupełniony rachunek ekonomiczny daje racjonalne podstawy dla planowania linii i rozkładu. Różne niezauważalne koszty uboczne transportu indywidualnego w ostatecznym rachunku znacznie więcej kosztują miasto niż dotacje do transportu zbiorowego.