Rozporządzenie ma dostosować liczbę i strukturę wojskowych sądów garnizonowych do zamierzeń organizacyjnych sił zbrojnych w najbliższych latach. Zmiany są też wynikiem spadku liczby rozpatrywanych spraw, co jest efektem zmian w Kodeksie postępowania karnego, które zaczęły obowiązywać na początku tego roku.

Nowelizacja Kodeksu scedowała na sądy powszechne rozpatrywanie części spraw dotyczących żołnierzy i pracowników wojska. Sądy wojskowe mają rozpatrywać jedynie przestępstwa dokonane podczas służby wojskowej, w obrębie obiektu wojskowego lub polegające na naruszeniu obowiązku wynikającego ze służby. Zgodnie z nowymi przepisami, w przypadku zwolnienia żołnierza z czynnej służby wojskowej jego sprawę może przejąć sąd powszechny. Dotyczy to przestępstw popełnionych przeciw organowi wojskowemu lub żołnierzowi podczas pobytu za granicą.

Obecnie w Polsce działa dziesięć wojskowych sądów garnizonowych - w Bydgoszczy, Gdyni, Krakowie, Lublinie, Olsztynie, Poznaniu, Szczecinie, Warszawie, Wrocławiu i Zielonej Górze.

Zgodnie z projektowanymi rozwiązaniami, trzy z nich - w Bydgoszczy, Krakowie i Zielonej Górze - miałyby przestać istnieć od 1 lipca 2010 r. Ich sprawy mają przejąć inne sądy; planowane jest rozszerzenie właściwości miejscowej sądów garnizonowych w Lublinie, Poznaniu, Warszawie i Wrocławiu.

W ramach wojskowego sądownictwa nadal pozostaną dwa sądy okręgowe - w Warszawie i Poznaniu. W projekcie wskazano, że Wojskowy Sąd Okręgowy w Poznaniu byłby odpowiedni dla województw objętych właściwością sądów garnizonowych w Gdyni, Poznaniu, Szczecinie i Wrocławiu; zaś Wojskowy Sąd Okręgowy w Warszawie - dla województw objętych właściwością sądów garnizonowych w Lublinie, Olsztynie i Warszawie.

Jak napisano w ocenie skutków regulacji, w trzech sądach garnizonowych, które maja zostać zlikwidowane pracuje obecnie 12 sędziów, 23 sekretarzy i 8 innych pracowników. Sędziowie, jeśli wyrażą zgodę, będą mogli zostać przeniesieni na inne stanowiska; zatrudnianie sekretarzy i pracowników likwidowanych sądów w innych nie jest planowane.