W praktyce przedsiębiorcy mogą mieć problemy szczególnie przy określaniu rozmiarów utraconych przez nich korzyści. Szacowanie tego rodzaju szkody opiera się zazwyczaj na hipotezach. Takie roszczenia można jednak uzasadniać, powołując się np. na stan firmy sprzed wyrządzenia szkody, a także porównując go do sytuacji innych przedsiębiorców, których wadliwe działanie organów kontroli nie dotknęło.

W jakich konkretnie sytuacjach przedsiębiorca będzie mógł ubiegać się o odszkodowanie? Otóż będzie miał takie prawo wtedy, gdy np. nie zostanie zawiadomiony o zamiarze wszczęcia kontroli, gdy czynności kontrolne dokonane będą podczas jego nieobecności lub osoby przez niego upoważnionej (z wyłączeniem szczególnych sytuacji wymienionych w ustawie), gdy podjęto u niego kontrolę, kiedy jest już prowadzona inna kontrola, lub gdy przekroczono czas trwania kontroli określony w ustawie. Chodzi zatem o naruszenia przez organy kontrolujące głównie przepisów formalnych w zakresie przeprowadzania kontroli.

Według obowiązujących przepisów, czas kontroli w ciągu roku nie może przekraczać u mikroprzedsiębiorców 12 dni roboczych, u małych przedsiębiorców – 18, u średnich przedsiębiorców – 24, a u pozostałych przedsiębiorców – 48. Wprowadzony jest również zakaz jednoczesnego prowadzenia więcej niż jednej kontroli w tym samym zakładzie.

Przedsiębiorca musi być również powiadomiony o zamiarze przeprowadzenia kontroli (z wyjątkiem kilku przypadków określonych w ustawie).