Zgodnie z ustawą o TK prezesa powołuje prezydent spośród dwóch kandydatów przedstawionych przez Zgromadzenie Ogólne. Zgromadzenie wybiera kandydatów spośród sędziów Trybunału, którzy w głosowaniu tajnym uzyskali kolejno największą liczbę głosów. Wybór powinien być dokonany nie później niż trzy miesiące przed upływem kadencji urzędującego prezesa lub wiceprezesa. W przypadku zwolnienia stanowiska prezesa lub wiceprezesa Trybunału wyboru kandydatów dokonuje się w terminie jednego miesiąca.
Zgromadzenie Ogólne przedstawiło już dwie kandydatury do tego stanowiska: obecnego wiceprezesa TK Janusza Niemcewicza i sędziego Bogdana Zdziennickiego. Obaj byli wiceministrami sprawiedliwości. Janusz Niemcewicz, niegdyś członek Unii Wolności, jeszcze przed wyrokiem w sprawie ustawy lustracyjnej twierdził, że źródła archiwalne są niewiarygodne i nie powinny być dowodem w sprawie. Natomiast Bogdan Zdziennicki był rekomendowany na sędziego przez SLD.