Decyzję można zaskarżyć do sądu administracyjnego, a w przypadku niesatysfakcjonującego wyroku – złożyć skargę kasacyjną do NSA. Ten katalog środków zaskarżenia nie oznacza jednak, że inwestor nie może podejmować żadnych czynności do czasu uzyskania prawomocnego wyroku. Jeżeli organ drugiej instancji utrzyma w mocy decyzję środowiskową, stanie się ona ostateczna, a inwestor będzie mógł na jej podstawie uzyskiwać kolejne pozwolenia, nawet jeśli się okaże, że decyzja o środowiskowych uwarunkowaniach została zaskarżona do sądu.

Przepisy dają jednak skarżącym prawo domagania się wstrzymania wykonania zaskarżonych decyzji. Skarżący może, wnosząc skargę do sądu, zażądać wstrzymania wykonania takiej decyzji, jeżeli zachodzi niebezpieczeństwo wyrządzenia znacznej szkody lub spowodowania trudnych do odwrócenia skutków. Jeżeli sąd stwierdzi, że przesłanki te wystąpiły, wydaje postanowienie o wstrzymaniu wykonania decyzji administracyjnej. Skarżący uzasadniają swoje żądania tym, że realizacja przedsięwzięcia na podstawie zaskarżonej decyzji środowiskowej spowoduje znaczne szkody w chronionych gatunkach, zagrozi zdrowiu ludzi bądź doprowadzi do znaczących zniszczeń w zasobach przyrodniczych.

Aby jednak sąd mógł wstrzymać wykonalność aktu administracyjnego, akt ten musi się nadawać do wykonania. Orzecznictwo uznało, że decyzja o środowiskowych uwarunkowaniach takim aktem nie jest, gdyż określa jedynie warunki oraz pewne szczególne wymogi, które muszą zostać uwzględnione przy realizacji inwestycji. Rozpoczęcie robót i realizacja inwestycji są możliwe dopiero po uzyskaniu decyzji o pozwoleniu na budowę. W rezultacie w przypadku decyzji środowiskowej nie ma możliwości wystąpienia niebezpieczeństwa wyrządzenia znacznej szkody lub spowodowania nieodwracalnych skutków, co uzasadniałoby wstrzymanie jej wykonania.