Z końcem bieżącego roku nastąpić powinien koniec procesu likwidacji gospodarstw pomocniczych jednostek budżetowych oraz państwowych zakładów budżetowych. Likwidacja jednostek organizacyjnych wymuszona ustawą wprowadzającą ustawę o finansach publicznych, uchwaloną w ubiegłym roku, nie oznacza końca realizacji zadań, które te jednostki realizowały. Biorąc pod uwagę, że obie jednostki realizowały zadania odpłatnie, warto przy likwidacji rozważyć, czy nadal takiego charakteru nie utrzymać. Państwowy zakład budżetowy, jako że ustawa o finansach publicznych nie przewiduje takiej formy (samorządowe zakłady budżetowe mogą funkcjonować w ograniczonym zakresie), musi zostać zlikwidowany. Formą zastępczą wobec państwowego zakładu budżetowego może być jednostka budżetowa, instytucja gospodarki budżetowej lub agencja wykonawcza. W pierwszym przypadku traci się cechę samodzielności finansowej, agencja wykonawcza powoływana musi być w drodze ustawy. Najbardziej zbliżoną formą do zakładu budżetowego jest instytucja gospodarki budżetowej – może być tworzona przez ministra, za zgodą Rady Ministrów (jest to łatwiejsze rozwiązanie niż droga ustawowa), a przede wszystkim podobnie jak zakład budżetowy odpłatnie wykonuje wyodrębnione zadania i pokrywa koszty swojej działalności oraz zobowiązania z uzyskiwanych przychodów. Zasadniczą różnicą jest osobowość prawna, której nie miał zakład budżetowy. Drogą przekształcenia państwowego zakładu budżetowego poszło Ministerstwo Obrony Narodowej, przekształcając zakład budżetowy Zakład Inwestycji Organizacji Traktatu Północnoatlantyckiego w instytucję gospodarki budżetowej pod tą nazwą.

Warto także rozważyć przekształcenie w jednostkę budżetową, biorąc pod uwagę, w jakim stopniu realizowany był zapis mówiący o finansowaniu przez zakład budżetowy co najmniej 50 proc. kosztów z własnych przychodów – jeśli poziom samofinansowania był bliższy 50 proc. niż 100 proc., to lepszym rozwiązaniem może być właśnie jednostka budżetowa.

W przypadku niektórych samorządowych zakładów budżetowych brak jest alternatywnych form, w które można je przekształcić.

Przykładowo, jeśli samorząd prowadził szkoły w formie zakładów budżetowych, to obecnie jedynym rozwiązaniem jest ich przekształcenie w jednostki budżetowe. W przypadku gospodarstw pomocniczych sytuacja będzie zróżnicowana w zależności od tego, jak unikalną działalność prowadziły. Jeśli bowiem ich działalność była na tyle rentowna, że mogą funkcjonować jako zakład budżetowy, a przede wszystkim działalność ta została objęta zakresem art. 14 ustawy o finansach publicznych, to nic nie stoi na przeszkodzie, by przekształcić gospodarstwo pomocnicze w samorządowy zakład budżetowy. W większości przypadków jednak, biorąc pod uwagę zapisy ustawy o finansach publicznych z 2005 r. stwierdzające, że gospodarstwem pomocniczym jednostki budżetowej jest wyodrębniona z jednostki budżetowej, pod względem organizacyjnym i finansowym, część jej podstawowej działalności lub działalność uboczna, trudno oczekiwać, że taka możliwość będzie istniała. Gospodarstwa pomocnicze funkcjonowały właśnie jako część jednostki budżetowej, stąd należy raczej oczekiwać, że likwidacja gospodarstw pomocniczych oznacza włączenie ich działalności do jednostki budżetowej, także w zakresie gromadzonych dochodów i dokonywanych wydatków.