W sierpniu 2002 roku Urban napisał artykuł pt. "Obwoźne sado-maso" zamieszczony w "Nie" tuż przed pielgrzymką papieża do Polski. Urban pisał w nim m.in.: "Choruj z godnością, gasnący starcze, albo kończ waść, wstydu oszczędź". Urban nazwał też papieża m.in. "Breżniewem Watykanu", "żywym trupem" i "sędziwym bożkiem".

Po doniesieniach czytelników stołeczna prokuratura oskarżyła Urbana o znieważenie papieża jako głowy obcego państwa, Watykanu.

W styczniu 2005 r. Sąd Okręgowy w Warszawie niejednogłośnie skazał Urbana na grzywnę, podkreślając, że wolność słowa nie ma charakteru absolutnego, a krytyka osób publicznych nie może naruszać ich czci. Za zbyt surową sąd uznał zarazem żądaną przez prokuraturę karę 10 miesięcy więzienia w zawieszeniu. Sam Urban mówił po wyroku o "sklerykalizowaniu wymiaru sprawiedliwości".

W marcu 2006 r. Sąd Apelacyjny w Warszawie oddalił apelację obrony, uznając, że Urban znieważył papieża "umyślnie i świadomie". Uznał, że Urban nie tylko przekroczył granice dozwolonej krytyki, ale naruszył też Kartę Etyki Mediów oraz prawo prasowe, które zakazuje dziennikarzom używania sformułowań godzących w godność innych osób.

Sądy podkreślały, że sprawa jest precedensowa, bo nigdy nie było w Polsce procesu o znieważenie papieża. Po analizie norm prawnych obowiązujących w Watykanie sądy - wbrew stanowisku obrony - uznały, że zachowana jest zasada wzajemności: czyli, że w Państwie Watykańskim jest ścigane przestępstwo znieważenia głowy obcego państwa, np. Polski (tylko wtedy można ścigać znieważenie głowy Państwa Watykańskiego w Polsce).

Urban nie składał kasacji. W 2006 roku złożył skargę do Trybunału w Strasburgu.

Trybunał pyta Polskę także, czy Jerzy Urban wyczerpał wszystkie dostępne środki odwołania w Polsce. Informacja o pytaniu skierowanym do Polski znalazła się na stronach internetowych Trybunału.

To pierwszy prawomocny wyrok wobec Urbana, choć nie pierwszy jego kontakt z wymiarem sprawiedliwości. W 1992 r. "Nie" wydrukowało akta SB z 1959 r. na temat agenta o kryptonimie Zapalniczka, którym miał być Zdzisław Najder, w latach 80. szef sekcji polskiej Radia Wolna Europa, a w 1992 r. - szef doradców premiera Jana Olszewskiego. W 1996 r. sąd skazał za to Urbana na rok więzienia w zawieszeniu. Sprawa po apelacji wróciła do prokuratury, która w 1997 r. umorzyła śledztwo.

Na początku lat 90. Urbanowi zarzucono też rozpowszechnianie pornografii (chodziło o zdjęcie kobiecych narządów płciowych w "Nie"). Postępowanie umorzono ze względu na "znikomą szkodliwość społeczną czynu".