Jeżeli straż graniczna w ramach prowadzonej kontroli operacyjnej zbierze dowody pozwalające na wszczęcie postępowania karnego lub mające znaczenie dla toczącego się postępowania, ma je przekazać prokuratorowi generalnemu lub właściwemu prokuratorowi okręgowemu. Nowe procedury postępowania z dokumentacją związaną z prowadzoną kontrola operacyjną obowiązują od 26 grudnia 2009 r.

Rozporządzenie ministra spraw wewnętrznych i administracji z 26 listopada 2009 r. w sprawie sposobu dokumentowania prowadzonej przez Straż Graniczną kontroli operacyjnej oraz przechowywania i przekazywania wniosków i zarządzeń, a także przechowywania, przekazywania oraz przetwarzania i niszczenia materiałów uzyskanych podczas stosowania tej kontroli (Dz.U. nr 210, poz. 1625) określa, że dokumentacją kontroli operacyjnej prowadzonej przez straż graniczną są nośniki z nagranymi rozmowami telefonicznymi i ich kopie.

Dane pochodzące z podsłuchów czy pozyskane np. za pomocą internetu dokumentuje się w formie komunikatów za każdy dzień kalendarzowy. Informacje i dowody, które mają znaczenie dla toczącego się postępowania karnego, dokumentuje się w sposób odzwierciedlający zarejestrowaną treść. Tak samo jest z materiałami zawierającymi informacje stanowiące podstawę wystąpienia z wnioskiem o wszczęcie postępowania karnego.