Resortowi nie podobają się też plany włączenia w zakres kompetencji przyszłej Prokuratury Europejskiej oszustw VAT-owskich. Zdaniem MS dochody z tego podatku to domena kasy państwowej i nie ma powodu, by związaną z tym przestępczością zajmowały się unijne organy. Zastrzeżenia do projektu zgłaszały także m.in. Hiszpania, Holandia i Austria.

Ponieważ od dłuższego czasu nie było widoków na kompromis, niemiecki rząd i 15 innych państw UE postanowiły rozpocząć wzmocnioną współpracę, która ma doprowadzić do powołania wspólnej prokuratury. Procedura ta może zostać wszczęta pod warunkiem, że uczestniczy w niej co najmniej dziewięć krajów Unii. Pozostałe państwa mogą do niej jednak w każdej chwili przystąpić (do tego czasu mają prawo brać udział w obradach, ale bez prawa głosu).