Rząd popiera część rozwiązań zaproponowanych przez komisję, ale podkreśla, że konieczne jest wprowadzenie do projektu pewnych zmian, aby jego ocena była jednoznaczna pozytywna. Ustawa ta miałaby zastąpić ustawę z 11 marca 2004 r.

Rząd popiera wprowadzenie rozwiązań zgodnych z ideą Traktatu z Lizbony. Chodzi zwłaszcza o ograniczenie „ogólnego mechanizmu współpracy” do projektów aktów ustawodawczych UE oraz uznanie wyłącznie pomocniczej roli rządu w dokonywanej przez parlament procedurze oceny zgodności tych aktów z zasadą pomocniczości.

W opinii Rady Ministrów, uzasadnione jest też wprowadzenie przepisów regulujących współpracę rządu z parlamentem w okresie sprawowania przez Polskę prezydencji w Radzie Unii Europejskiej. Słuszne jest także zniesienie obowiązku prezentowania przez konstytucyjnych ministrów wyjaśnień w przypadku braku możliwości zasięgnięcia opinii parlamentu przed rozpatrzeniem projektu aktu ustawodawczego UE w Radzie UE. Zgodnie z nowymi przepisami, wyjaśnienia te będą mogli przedstawiać wiceministrowie.

Rada Ministrów uważa natomiast, że zmienione muszą być zasady współpracy rządu z parlamentem, w przypadku wnoszenia przez Sejm i Senat skarg do Trybunału Sprawiedliwości UE. Rząd podkreśla, że Traktat z Lizbony upoważnił parlamenty narodowe do wnoszenia skarg do Trybunału Sprawiedliwości UE. Tym samym przepisy, które nakładałyby na rząd obowiązki prowadzenia takich spraw przed Trybunałem, są niezgodne z zasadami „Protokołu w sprawie roli parlamentów narodowych w Unii Europejskiej”, dołączonego do Traktatu Lizbońskiego. Zasadne byłoby raczej wprowadzenie rozwiązań umożliwiających konsultacje Sejmu i Senatu z rządem w sprawach wnoszenia przez obie izby skarg do Trybunału.

Rada Ministrów odnosząc się do „ogólnego mechanizmu współpracy” uważa, że należy dążyć do wydłużenia z 14 do 21 dni (w ramach 56 dni przeznaczonych na przeprowadzenie procedur przez Sejm i Senat) okresu przewidzianego dla rządu na przygotowanie i przekazanie do Sejmu i Senatu projektu stanowiska wobec projektu aktu ustawodawczego UE. Rada Ministrów zwraca uwagę, że na mocy Traktatu z Lizbony czas konieczny na dokonanie przez parlamenty narodowe oceny zgodności projektu unijnego aktu ustawodawczego z zasadą pomocniczości wydłużono do 8 tygodni. W efekcie o 2 tygodnie wydłużył się też termin dla Sejmu i Senatu. Natomiast czas na przekazanie przez rząd projektu stanowiska nie zmienił się i nadal wynosi 2 tygodnie, co właściwie oznacza jego skrócenie z 1/3 do 1/4 ogólnego czasu.

KPRM/AS