W grudniu 2007 r. bułgarska telewizja wyemitowała dokument BBC pokazujący tragiczne warunki w ośrodku w Mogilinie, w którym przebywają dzieci z niepełnosprawnościami. Bułgarski Komitet Helsiński wystąpił do prokuratora generalnego z wnioskiem o wszczęcie postępowania w celu wyjaśnienia całej sprawy. Śledztwo po kilku miesiącach zostało jednak umorzone. Komitet Helsiński wytoczył następnie powództwo przeciwko PG, zarzucając mu bezczynność. W 2010 r. biuro prokuratora generalnego we współpracy z organizacją przeprowadziło kontrolę w domach opieki nad niepełnosprawnymi dziećmi.
W jej trakcie Bułgarski Komitet Helsiński został poinformowany o śmierci dwóch nastolatek, Anety Yordanovej i Nikoliny Kutsarovej. Dziewczynki zostały porzucone przez rodziców po urodzeniu i umieszczone w ośrodku pomocy. Ich stan zdrowia regularnie się pogarszał. Prokuratura wszczęła postępowanie w sprawie śmierci pierwszej dziewczynki, które następnie umorzyła. W przypadku śmierci drugiej dziewczynki śledczy nie podjęli żadnych działań. Bułgarski Komitet Helsiński w pierwszej sprawie złożył zażalenie na odmowę wszczęcia śledztwa, w drugiej z kolei złożył zawiadomienie o popełnieniu przestępstwa, w wyniku którego zostało wszczęte śledztwo. Interwencje organizacji nie przyniosły jednak żadnego skutku.
Ponieważ zmarłe dziewczynki nie miały rodziny ani bliskich, którzy mogliby się zwrócić do Europejskiego Trybunału Praw Człowieka, skargę w ich imieniu złożył Bułgarski Komitet Helsiński (skarga nr 35653/12). Podniesiono w niej, że władze bułgarskie naruszyły art. 2 i 3 konwencji, gdyż nie przeprowadziły skutecznego śledztwa w sprawie okoliczności zgonu dziewczynek oraz warunków, w jakich przetrzymywano dzieci w ośrodku w Mogilino. Organizacja powołała się na wcześniejszą sprawę Câmpeanu przeciwko Rumunii, w której Wielka Izba dopuściła organizację pozarządową do wniesienia skargi w imieniu Roma zmarłego w niewyjaśnionych okolicznościach w szpitalu psychiatrycznym.
Europejski Trybunał Praw Człowieka w decyzji z 21 lipca 2016 r. uznał, że Bułgarski Komitet Helsiński nie miał prawa wnosić skargi, ponieważ nie był ofiarą naruszenia konwencji (tzw. ratione personae). Strasburscy sędziowie zwrócili uwagę, że w sprawie rumuńskiej organizacja pozarządowa była w nią zaangażowana od samego początku, reprezentując skarżącego w postępowaniach przez sądami krajowymi. W analizowanej sprawie Bułgarski Komitet Helsiński włączył się w postępowanie już na późnym etapie, bo po upływie prawie pięciu lat od śmierci dziewczynek. Ponadto ETPC zauważył, że w sprawie rumuńskiej sądy krajowe nie kwestionowały udziału organizacji w postępowaniu i dopuszczały jej udział na każdym etapie sprawy. Dokumenty przedstawione przez Bułgarski Komitet Helsiński wskazywały z kolei, że zgodnie z prawem organizacja ta nie miała formalnego statusu w postępowaniu. Prawo krajowe nie przewidywało również jej udziału jako strony postępowania. Tym samym statut skarżącej organizacji nie był porównywalny ze statutem, jaki przysługiwał organizacji rumuńskiej w sprawie Câmpeanu.
Ze względu na brak kontaktu ze zmarłymi dziewczynkami przed ich śmiercią, późne przystąpienie do sprawy oraz brak prawnego umocowania w postępowaniu trybunał uznał skargę Bułgarskiego Komitetu Helsińskiego za niedopuszczalną.
ETPC podkreślił jednak, że jego decyzja nie powinna być odbierana jako brak szacunku wobec pracy organizacji pozarządowych pomagającym osobom wykluczonym i najbardziej potrzebującym. Sędziowie docenili fakt, że Bułgarski Komitet Helsiński w skuteczny sposób zaalarmował władze o nieprawidłowościach w ośrodkach dla niepełnosprawnych dzieci. W wyniku raportów opracowanych przez organizację zostało też wszczęte postępowanie wyjaśniające nieludzkie warunki panujące w domach opieki społecznej oraz przypadki śmierci dwóch dziewczynek.