Sześciu sędziów na czternastu zgłosiło zdanie odrębne. Niektórzy z nich uważają, że przeciwnie, samorządom, które nie miały nic do powiedzenia i utraciły własność na rzecz kościoła lub gmin wyznaniowych, nie będzie bliżej do sprawiedliwości.
Andrzej Rzepliński, który - nota bene - również zgłosił zdanie odrębne do wyroku, jest przekonany, że sądy administracyjne nie pozwolą już sobie na odrzucanie pozwów dotyczących Komisji Majątkowej. Mówił obrazowo: "samochód się popsuł i ktoś musiał wskazać, jak go uruchomić. Droga otwarta".
Opisał też dotychczasową pracę sądów: "mówiono, no cóż, my małe myszki, co my możemy zrobić? . Andrzej Rzepliński jest pewien, że teraz tak nie będzie. "Nie sposób sobie wyobrazić, by sądy, w tym Naczelny Sąd Administracyjny, zrelatywizowały tę sprawę. Daliśmy im klucz", podsumował przewodniczący składu sędziowskiego.
Trybunał Konstytucyjny orzekł, że zaskarżone przez Rzecznika Praw Obywatelskich przepisy dotyczące Komisji Regulacyjnej i zwrotu mienia gminom wyznaniowym żydowskim są zgodne z konstytucją. Umorzył zaś postępowanie w części dotyczącej Komisji Majątkowej a więc Kościoła Katolickiego.
W uzasadnieniu podkreślono, że Komisja od dwóch lat nie istnieje i odpowiednie regulacje straciły moc. Kwestionowany przepis mówiący, że od decyzji Komisji nie ma odwołania i jest ona ostateczna zinterpretowali następująco: nie można się było odwołać do Komisji, ale do sądów tak.
Jednak sędziowie Trybunału w zdaniach odrębnych podkreślali, że sądy odmawiały rozpatrywania tych pozwów. Ich zdaniem Trybunał nie powinien umarzać sprawy, a orzec o niekonstytucyjności działania Komisji Majątkowej. To by rodziło skutki finansowe.
"Wybrano rozwiązanie najwłaściwsze a zarazem najtańsze", odpowiedział Andrzej Rzepliński na pytanie Polskiego Radia.