Aby w sposób bezpieczny korzystać z zasobów specjalnego systemu informatycznego i uzyskiwać w ten sposób dane np. o osobach poszukiwanych, prokuratury czy sądy muszą uzyskać z Komendy Głównej Policji certyfikat.

Agencja Bezpieczeństwa Wewnętrznego, Straż Graniczna, sądy i prokuratury mają wyznaczyć użytkowników, którzy za pomocą specjalnego oprogramowania udostępnionego przez Komendę Główną Policji (KGP) będą miały dostęp do Krajowego Systemu Informatycznego (KSI). Wynika to z rozporządzenia ministra spraw wewnętrznych i administracji z 20 września 2011 r. w sprawie trybu dostępu i wzoru upoważnienia do dostępu do KSI oraz wykorzystywania danych (Dz.U. nr 203, poz. 1193), które dziś wchodzi w życie.

Zgodnie z rozporządzeniem takie instytucje i służby będą wnioskować także o wydanie osobistego i niepowtarzalnego identyfikatora dla takiego użytkownika systemu. Z tym że aby korzystanie z KSI było w ogóle możliwe, najpierw będzie musiało zostać utworzone bezpieczne połączenie między daną instytucją a KGP, która zarządza KSI. System informatyczny powinien być dostosowany do współpracy z KSI, a ponadto musi on uzyskać specjalny certyfikat od Komendy Głównej.

KSI umożliwia m.in. dostęp do danych w systemie Schengen. Są tam informacje np. o osobach, które są poszukiwane w związku z wydaniem postanowienia o tymczasowym aresztowaniu czy o świadkach wezwanych do stawienia się przed sądem.