Zamawiający wybiera ofertę najkorzystniejszą na podstawie kryteriów oceny ofert określonych w specyfikacji istotnych warunków zamówienia. Zgodnie z wymogami ustawy Prawo zamówień publicznych cena musi być jednym z kryteriów oceny ofert przetargowych.
Opierając się na definicji określonej w art. 2 ustawy Prawo zamówień publicznych pod pojęciem ceny należy rozumieć cenę jako wartość wyrażoną w jednostkach pieniężnych, którą kupujący jest obowiązany zapłacić przedsiębiorcy za towar lub usługę. W cenie uwzględnia się podatek od towarów i usług jeżeli na podstawie odrębnych przepisów sprzedaż towarów bądź usług podlega obowiązkowemu naliczeniu podatku od towarów i usług (VAT) – powyższe wynika z art. 3 ust. 1 pkt. 1 ustawy z dnia 05 lipca 2001 r. o cenach (Dz. U z 2001 r, Nr 97 poz. 1050 z późn. zm.).
W związku z obowiązującą definicją ceny zamawiający dokonując oceny ofert złożonych w postępowaniu o udzielenie zamówienia publicznego, dokonuje ich porównania biorąc pod uwagę ceny z VAT. Porównywanie ofert złożonych w postępowaniu o udzielenie zamówienia publicznego według cen netto stanowi naruszenie przepisów ustawy Prawo zamówień publicznych.
W związku z tym jeżeli w postępowaniu o zamówienie publiczne uczestniczą zarówno podmioty zwolnione z VAT jak i nie dysponujące takim zwolnieniem zamawiający przyjmuje ceny wyrażone przez poszczególnych wykonawców nie dokonując w nich zmian np. poprzez dodanie dla celów porównania ofert w ramach kryterium ceny wykonawcy zwolnionemu z VAT-u kwoty tego podatku w wg obowiązującej stawki.
Dokonywanie oceny ofert w ramach kryterium ceny według różnych stawek VAT spowodowanych różną sytuacją podmiotową wykonawców, nie stanowi naruszenia zasady równego traktowania wykonawców i nie ma charakteru dyskryminującego tych wykonawców którzy są płatnikami tego podatku wobec wykonawców posiadających stosowną decyzję o zwolnieniu z tego podatku. Wykonawca zwolniony z podatku VAT powinien jednak w ofercie zamieścić informację o podstawie formalno – prawnej zwolnienia tak aby zamawiający mógł jednoznacznie ustalić, że wysokość ceny realizacji zamówienia została ustalona prawidłowo.