Każdy użytkownik musi zapłacić opłatę roczną wynoszącą od 0,3 do 3 proc. ceny.
W użytkowaniu wieczystym znajdują się najczęściej grunty położone w granicach administracyjnych miast. Za korzystanie z nich użytkownicy wieczyści uiszczają opłaty roczne. Najwyższą, tzw. pierwszą opłatę w wysokości od 15 do 25 proc. ceny nieruchomości płacą najpóźniej do dnia zawarcia umowy notarialnej między oddającym w użytkowanie a użytkownikiem. Oddający w użytkowanie nadal pozostaje właścicielem nieruchomości i pobiera opłatę roczną od użytkownika. W razie oddania nieruchomości gruntowej w użytkowanie wieczyste w drodze bezprzetargowej pierwsza opłata może zostać rozłożona na oprocentowane raty.
Wysokość kolejnych opłat rocznych jest już znacznie niższa, bo wynosi rocznie od 0,3 do 3 proc. ceny nieruchomości – raty są płatne do końca marca każdego roku. Stawka procentowa zależy od celu, na jaki została przeznaczona nieruchomość. Opłaty rocznej nie pobiera się za rok, w którym zostało ustanowione prawo użytkowania wieczystego.

Pod mieszkanie taniej niż pod sklep

Procent wartości gruntu, od którego zależy wysokość stawki opłaty rocznej jest zróżnicowany z uwagi na status działki i wynosi:
0,3 proc. ceny za nieruchomości gruntowe oddane na cele obronności i bezpieczeństwa państwa, pod budowę obiektów sakralnych wraz z budynkami towarzyszącymi, na działalność charytatywną oraz na niezarobkową działalność opiekuńczą, kulturalną, leczniczą, oświatową, wychowawczą, naukową lub badawczo-rozwojową.
1 proc. ceny za nieruchomości gruntowe oddane na cele rolne, mieszkaniowe, realizację urządzeń infrastruktury technicznej i innych celów publicznych oraz na działalność sportową.
2 proc. ceny za nieruchomości gruntowe na działalność turystyczną.
3 proc. ceny na pozostałe nieruchomości gruntowe.



Zdarza się, że nieruchomość gruntowa zostaje oddana w użytkowanie wieczyste na więcej niż jeden cel i wtedy stawka procentowa wyliczana jest od celu określanego w umowie jako podstawowy. Gdyby jednak już po przekazaniu nieruchomości zmienił się na stałe sposób korzystania z niej, a więc i cel, na jaki została oddana, to stosownie do niego zmieni się stawka procentowa opłaty rocznej.
Jeśli cel nie zostanie określony przy oddawaniu nieruchomości gruntowej w użytkowanie wieczyste, wtedy stawkę procentową opłaty rocznej oblicza się stosownie do celu ustalonego dla sposobu korzystania z nieruchomości. Przeznaczenie gruntu decyduje o stawce rocznej nawet wówczas, gdy cel, na jaki ją przekazano, nie został wskazany w umowie o użytkowanie wieczyste.
Takie stanowisko zajął Sąd Najwyższy w wyroku sygn. akt III CSK 268/08, twierdząc przy tym w uzasadnieniu, że realizacja celu, na jaki został przekazany grunt, może zostać rozciągnięta w czasie.

Podwyższenie opłaty rocznej

Gmina ma prawo zaktualizować opłaty roczne wówczas, gdy wartość nieruchomości wzrośnie. Może to jednak zrobić tylko raz w roku. Aktualizacja polega na tym, że przy zastosowaniu dotychczasowej stawki procentowej ustala się nową wysokość od wartości nieruchomości wyliczonej na dzień aktualizacji przez rzeczoznawcę majątkowego. Następuje to z urzędu lub na wniosek użytkownika wieczystego i powinna zostać zachowana następująca procedura. Starosta lub inny organ wykonawczy gminy, powiatu lub województwa wypowiada użytkownikowi na piśmie wysokość dotychczasowej opłaty rocznej do 31 grudnia poprzedniego roku. Przesyła mu przy tym ofertę przyjęcia opłaty w nowej wysokości, informuje o nowej wartości nieruchomości określonej przez rzeczoznawcę majątkowego oraz o tym, gdzie użytkownik może zapoznać się z operatem szacunkowym.



W ciągu 30 dni od otrzymania nowej oferty proponującej wyższą opłatę roczną użytkownik wieczysty może się odwołać do samorządowego kolegium odwoławczego właściwego dla położenia nieruchomości. Musi też złożyć wniosek o ustalenie, że aktualizacja opłaty jest nieuzasadniona lub nowa opłata powinna być określona w innej wysokości. Wniosek należy złożyć na piśmie w dwóch egzemplarzach i skierować go przeciwko organowi, który złożył ofertę wyższej opłaty. Z kolei ten organ musi wykazać, że wartość gruntu uległa zmianie.

Odwołanie do kolegium

Nowa wysokość opłaty rocznej może zostać ustalona przez kolegium po rozpoznaniu sprawy lub na skutek ugody zawartej przed kolegium. Opłata w nowej wysokości będzie jednak obowiązywała dopiero od 1 stycznia następnego roku po tym, w którym została wypowiedziana dotychczasowa.
Wprawdzie od orzeczenia kolegium odwołanie nie przysługuje, ale użytkownik wieczysty może wnieść sprzeciw w ciągu 14 dni od doręczenia mu orzeczenia. Jest to równoznaczne z żądaniem przekazania sprawy do sądu powszechnego właściwego ze względu na miejsce położenia nieruchomości. W tym przypadku wniosek zastępuje pozew.