11 czerwca Prokuratura Okręgowa w Warszawie wysłała do sądu akt oskarżenia wobec Lipca i dwóch innych osób. Były minister jest oskarżony o uzależnienie wykonania czynności służbowych od otrzymania korzyści majątkowej, przekroczenie uprawnień, podżeganie do poświadczenia nieprawdy w dokumentach mających znaczenie prawne oraz oszustwo. Grozi mu do 10 lat więzienia. Lipiec nie przyznaje się do winy.
W połowie czerwca Sąd Rejonowy dla Warszawy-Śródmieścia przedłużył do września areszt wobec Lipca, w którym był od końca października 2007 r., gdy go zatrzymano. Przedłużenie uzasadniono wysokim prawdopodobieństwem popełnienia czynów, obawą utrudniania śledztwa i surową karą. Sąd zwrócił też uwagę na to, że już 29 lipca ma zacząć się proces w całej sprawie.
W lipcu sąd rejonowy wystąpił jednak do Sądu Apelacyjnego w Warszawie o przekazanie sprawy - ze względu na jej zawiłość i wagę - sądowi okręgowemu. Wkrótce potem sąd okręgowy postanowił zwolnić Lipca z aresztu za kaucją 80 tys. zł. Sąd uznał, że "w tym momencie nie można określić, kiedy rozpocznie się proces", a "areszt nie może być antycypacją kary".
Wniosek o przeniesienie procesu miał wadę formalną. Nie dołączono bowiem do niego potwierdzeń o odebraniu przez wszystkie strony procesu kwitów pocztowych, zwanych zwrotkami, o otrzymaniu postanowienia o przeniesienie sprawy. Z tego powodu SA w sierpniu zwrócił wniosek sądowi rejonowemu. W zeszłym tygodniu sąd wysłał uzupełniony wniosek do sądu apelacyjnego.
Nadal trwa śledztwo przeciw b. dyrektorowi Centralnego Ośrodka Sportu Tadeuszowi M. i innym osobom, podejrzanym o korupcję
Wiele razy już stołeczne sądy rejonowe decydowały o przeniesieniu do sądów wyższego rzędu głośnych procesów - m.in. Lwa Rywina, Andrzeja Milczanowskiego, Aleksandry Jakubowskiej, Zbigniewa Siemiątkowskiego, Wiesława Kaczmarka oraz autorów stanu wojennego. W sądach rejonowych orzekają zazwyczaj młodzi sędziowie, często asesorzy (czyli jeszcze przed formalną nominacją); w okręgowym - bardziej doświadczeni.
. Prokuratura nie ujawnia, jaka jest wartość łapówek w całej sprawie. Według "Wprost", w przypadku Lipca chodzi "przynajmniej o 100 tys. zł". Obciążające go zeznania miał złożyć Tadeusz M., a potwierdzić je - jego były zastępca Krzysztof S., który miał wiedzieć o "działkach" dla ministra i jego przyzwoleniu na korupcyjne działania.
Według mediów b. minister miał być zatrzymany jeszcze przed październikowymi wyborami w 2007 r., ale miała się temu przeciwstawić ówczesna szefowa warszawskiej prokuratury okręgowej Elżbieta Janicka, mówiąc podwładnym: "Jeśli dojdzie do zatrzymania Lipca, to was puknę". Ona sama zaprzecza, ma jednak już zarzuty dyscyplinarne. Sprawę bada sejmowa komisja śledcza ds. nacisków.