Minister sprawiedliwości sprawujący funkcję prokuratora generalnego ma w swoim ręku środki oddziaływania na sądownictwo. Naczelny organ prokuratury sprawuje nadzór nad działalnością sądów, tworzy je i znosi, powołuje prezesów sądów, przed którymi występują potem podlegli mu prokuratorzy. Przemawia to za koniecznością rozdzielenia funkcji ministra sprawiedliwości i prokuratora generalnego.
Czytelnik ustawy zasadniczej może dojść do przekonania, że pozycja ustrojowa prokuratury nie została tam określona. Z konstytucji dowiadujemy się jedynie, że prokurator generalny może wystąpić z wnioskiem do Trybunału Konstytucyjnego. Mamy zatem do czynienia z pojęciem zastanym, którym ustrojodawca posługuje się w takim znaczeniu, jakie ma ono w doktrynie, ustawodawstwie i obrocie prawnym, co nie oznacza jednak konstytucjonalizacji stworzonego w ustawie rozwiązania. Polega ono na tym, że funkcję prokuratora generalnego, który jest naczelnym organem prokuratury, sprawuje minister sprawiedliwości. Rozwiązanie to nie należy chyba do tych, które najwierniej służą konstytucji. Przecież jeżeli premier może występować z wnioskami do Trybunału Konstytucyjnego, to prokurator generalny nie powinien być podwładnym szefa rządu, skoro konstytucja przyznaje temu prokuratorowi takie same uprawnienia wobec Trybunału.
Ustawodawca nie ma pełnej swobody regulacyjnej w kształtowaniu rozwiązań prawnych dotyczących prokuratury. Rozwiązania te powinny uwzględniać konsekwencje zasady podziału i równoważenia władz, a zwłaszcza znaczenie zasady odrębności władzy sądowniczej i jej niezależności od innych władz. Minister sprawiedliwości sprawujący funkcję prokuratora generalnego ma w swoim ręku środki formalnego i nieformalnego oddziaływania na sądownictwo powszechne. Ustawowo określony zakres tego oddziaływania przekracza granice owej niezależności władzy sądowniczej, o której stanowi konstytucja. Naczelny organ prokuratury jako urzędnik władzy wykonawczej sprawuje przecież nadzór nad działalnością sądów, tworzy je i znosi, powołuje prezesów sądów, przed którymi występują potem podlegli mu prokuratorzy. Zdarzało się, że prokurator generalny nie ukrywał swojego stanowiska co do winy i kary w konkretnych sprawach.
Sąd, o którym mowa w konstytucji, to nie tylko sędziowie, ale szeroko rozumiany wymiar sprawiedliwości obejmujący także prokuratorów. Trudno rozumieć konstytucję w ten sposób, że przyznaje nam ona prawo do sądu rozumianego tylko jako prawo do spotkania z sędzią. To spotkanie jest zapewne najważniejsze, ale jaki miałoby ono sens bez adwokata i prokuratora, bez notariusza i komornika. Sąd to także - w pewnym funkcjonalnie wyznaczonym zakresie - prokuratura, a zatem zależność prokuratury od rządu uzależnia od władzy wykonawczej także sądy, co ma przecież zasadnicze znaczenie z punktu widzenia niezawisłości sędziów i niezależności sądów. A do tej sprawy konstytucja przywiązuje wielką wagę. Bez prawa do sądu konstytucyjny status jednostki staje się mało wyrazisty, toteż uzależnienie możliwości realizacji tego prawa od władzy wykonawczej pogłębia naszą zależność od polityków.
Spór o pozycję ustrojową prokuratury trwa od wielu lat. Głównym argumentem zwolenników połączenia stanowisk ministra sprawiedliwości i prokuratora generalnego jest teza, że rozdzielenie tych stanowisk uniemożliwi rządowi zapewnienie bezpieczeństwa wewnętrznego państwa oraz porządku publicznego. Jednak konstytucja, powierzając to zadanie Radzie Ministrów, nie uchyla w celu jego wykonania obowiązywania pozostałych postanowień i gwarancji i nie wprowadza domniemania fuzji stanowisk w państwie w takim zakresie, w jakim rząd uzna to za konieczne. Dotychczasowe doświadczenia potwierdzają, że połączenie stanowiska ministra sprawiedliwości i prokuratora generalnego jest rozwiązaniem wysokiego ryzyka.
Czy równie ryzykowna z punktu widzenia statusu jednostki i zagwarantowania jej praw może być niezależność prokuratury od władzy wykonawczej? Zapewne nie można wykluczyć sytuacji, w której, jak w swoim czasie we Włoszech, zamiast partiokracji mielibyśmy do czynienia z arbitralną władzą oskarżycieli publicznych, z której rezygnują oni jednak, zasiadając w ławach poselskich. Ale przecież nawet władza niezależnych prokuratorów ma granice wyznaczone przez niezawisłość sędziów i niezależność sądów.