Polska od początku miała zastrzeżenia do projektu rozporządzenia ustanawiającego ponadnarodowy organ, który ma ścigać przestępstwa na szkodę unijnego budżetu, np. wyłudzanie dotacji czy przemyt. Jak tłumaczył wiceminister sprawiedliwości Łukasz Piebiak, taka instytucja zagrażałaby niezależności krajowych prokuratorów.
Resortowi nie podobają się też plany włączenia w zakres kompetencji przyszłej Prokuratury Europejskiej oszustw VAT-owskich. Zdaniem MS dochody z tego podatku to domena kasy państwowej i nie ma powodu, by związaną z tym przestępczością zajmowały się unijne organy. Zastrzeżenia do projektu zgłaszały także m.in. Hiszpania, Holandia i Austria.
Ponieważ od dłuższego czasu nie było widoków na kompromis, niemiecki rząd i 15 innych państw UE postanowiły rozpocząć wzmocnioną współpracę, która ma doprowadzić do powołania wspólnej prokuratury. Procedura ta może zostać wszczęta pod warunkiem, że uczestniczy w niej co najmniej dziewięć krajów Unii. Pozostałe państwa mogą do niej jednak w każdej chwili przystąpić (do tego czasu mają prawo brać udział w obradach, ale bez prawa głosu).
