W większości przypadków podstawą przeszukania jest stosowne postanowienie sądu lub prokuratora. Organy dokonujące tej czynności (np. prokurator, policja, CBA, ABW) zobowiązane są wskazać cel przeszukania oraz wezwać do dobrowolnego wydania poszukiwanych przedmiotów oraz okazać stosowne postanowienie. W postanowieniu wskazane powinno być, jakich przedmiotów (np. dokumentów, nośników informacji) poszukuje organ procesowy.

W wyjątkowych przypadkach przeszukanie może być przeprowadzone przed wydaniem postanowienia sądu lub prokuratora. W takim wypadku organ przeprowadzający przeszukanie – o ile nie jest nim prokurator – okazuje podmiotowi, u którego dokonuje się przeszukania, stosowny nakaz kierownika swojej jednostki (np. policji), lub przynajmniej legitymację służbową.

Należy podkreślić, że przy przeszukaniu może (a w kontekście ochrony interesu podmiotu przeszukiwanego – nawet powinna) być obecna osoba wskazana przez podmiot, u którego dokonuje się przeszukania. Zasadne jest, aby osobą taką był adwokat lub radca prawny, który czuwałby nad prawidłowym przebiegiem czynności z punktu widzenia praw i obowiązków podmiotu przeszukiwanego. Jest to istotne w szczególności w kontekście konieczności zapewnienia należytej ochrony materiałom objętym tajemnicą przedsiębiorstwa oraz zawodową adwokata lub radcy prawnego – poprzez złożenie stosownego zastrzeżenia.

Istotnym elementem przeszukania jest sporządzenie protokołu przebiegu przeszukania. Powinien on dokładnie odzwierciedlać przebieg czynności, w tym zawierać stosowne wzmianki i zastrzeżenia, np. o żądaniu doręczenia postanowienia zatwierdzającego przeszukanie lub ochrony zajętych przedmiotów tajemnicą przedsiębiorstwa, adwokata lub radcy prawnego. Warto podkreślić, że do protokołu należy dołączyć spis rzeczy zajętych w toku przeszukania. Podmiotowi, od którego te rzeczy zabrano, należy przekazać stosowne pokwitowanie ze wskazaniem miejsca ich przechowywania.