Wprowadzenie sztywnych i niższych niż obecnie marż na leki refundowane stoi w sprzeczności z zasadami gospodarki wolnorynkowej. Ustalenie sztywnej marży na poziomie 5 proc. (obecnie 8,91 proc.) od ceny leku, jaką Ministerstwo Zdrowia wynegocjuje z jego producentem, nie jest dobrym rozwiązaniem. Aczkolwiek należy podkreślić, iż na etapie prac w Senacie nad ustawą z 12 maja 2011 r. o refundacji leków, środków spożywczych specjalnego przeznaczenia żywieniowego oraz wyrobów medycznych ustawodawca zdał sobie sprawę, iż projektowana zmiana w sposób fundamentalny wpływa na rynek farmaceutyczny, dlatego też zdecydował się na stopniowe obniżanie marży – w 2012 r. miałaby wynosić 7 proc., w 2013 – 6 proc. urzędowej ceny zbytu i w 2014 osiągnąć zakładaną w pierwotnej wersji projektu wysokość.

Mimo sekwencyjnego obniżania wysokości marży należy zauważyć, że takie rozwiązanie przeczy podstawowym zasadom wolnego rynku. De facto jedyny mechanizm konkurowania będzie możliwy na etapie negocjacji ministerstwa z producentem leku, natomiast patrząc dalej na hurtownie i apteki, tutaj nie może być już mowy o konkurencji. Oznacza to, że ceny leków refundowanych nie będą mogły być ani niższe, ani wyższe od ustalonych. Ministerstwo wzięło więc na siebie pełną odpowiedzialność za wysokość cen leków refundowanych w Polsce. Co należy podkreślić, popularny wśród pacjentów system promocji i rabatów, który dawał możliwość zakupienia leku po niższej cenie, przestanie istnieć. W konsekwencji pacjent, kupując lek refundowany przez państwo, w każdej aptece zapłaci za niego tyle samo.